工程款结算已办理且入账但发票未开具，这种行为在法律上是不合法的。下面我从几个方面来详细解释这个问题：

1. 税收法规要求：根据税收相关法规，企业在进行经济交易并收取款项后，应当及时向对方开具发票。发票是交易双方经济往来的重要凭证，也是税务部门进行税收管理的重要依据。因此，未开具发票的行为违反了税收法规的要求。

2. 财务合规性：从企业财务管理的角度来看，入账和开具发票是密不可分的两个环节。入账表示企业已经收到了相应的款项，而开具发票则是对这一经济交易的正式确认。如果只有入账而没有开具发票，那么企业的财务记录将不完整，也可能引发税务风险。

3. 法律责任：对于未按规定开具发票的行为，税务部门有权进行查处，并根据具体情况给予相应的行政处罚。情节严重的，还可能构成犯罪，需要承担刑事责任。因此，企业应当严格遵守税收法规，确保在每一笔经济交易后都及时开具发票。

综上所述，工程款结算已办理且入账但发票未开具的行为是不合法的。为了避免可能的法律风险和财务问题，建议企业在收到款项后及时向对方开具发票，并确保财务记录的完整性和合规性。如果你在这方面还有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。