可以开票且合法，但需满足一定条件并履行相应手续。以下从不同角度为你详细分析：

1. 从发票开具的时效性规定来看

   • 根据我国税收相关法律法规，并没有明确规定发票必须在交易发生后的特定短时间内开具。所以，从时效性角度而言，几年前发生的工程业务，现在仍然可以开具发票。只要该工程业务真实发生，且符合开具发票的条件，税务机关一般不会因为时间间隔较长而禁止开票。
   • 不过，需要注意的是，如果时间间隔过久，可能会面临一些实际操作上的困难，比如相关业务资料可能丢失或难以查找，这可能会给开票带来一定的阻碍。

2. 从业务真实性和合法性角度分析

   • 发票开具的核心要求是业务真实发生。只要几年前未结款的工程业务是真实存在的，有相应的合同、施工记录、验收报告等资料能够证明业务的真实性，那么现在开具发票就是合法的。
   • 例如，如果工程已经按照合同要求完成施工，并通过了验收，只是由于各种原因（如甲方资金周转问题、双方对工程款存在争议等）导致款项未结清，这种情况下开具发票是合理合法的。

3. 从税务申报和缴纳税款方面考虑

   • 如果在工程发生当年，企业已经按照规定进行了税务申报并缴纳了相应的税款，那么现在开具发票主要是为了完善财务手续和作为收款凭证，一般不会涉及额外的税款缴纳问题。
   • 但如果在工程发生当年，企业未按照规定申报纳税，现在开具发票时，税务机关可能会要求企业补缴相应的税款、滞纳金，甚至可能会对企业进行税务处罚。所以，在开具发票前，企业需要先核实当年的纳税情况，确保税务合规。

建议：

• 在开具发票前，先与对方（甲方）进行沟通协商，明确开票的具体要求和时间安排，避免因开票问题产生新的纠纷。
• 整理好与该工程业务相关的所有资料，包括合同、施工记录、验收报告、付款凭证等，以证明业务的真实性和合法性。
• 如果对税务申报和缴纳税款方面存在疑问，可以咨询当地税务机关或专业的税务人员，确保开票过程符合税务规定。