核心结论：工资一天扣了三天的情况是否合法及如何计算，需分情况讨论，具体如下：

1. 若用人单位扣款行为缺乏合法依据
   根据《工资支付暂行规定》第十六条，用人单位仅在劳动者因本人原因给单位造成经济损失时，可按劳动合同约定要求赔偿，且每月扣除部分不得超过当月工资的20%，若扣除后剩余工资低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

   • 若扣款不符合上述条件（如未造成损失、未约定赔偿、扣款比例超标等），则用人单位行为违法，劳动者有权要求全额返还多扣部分，并可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
     
   • 计算方式：若实际应发工资为X，违法扣款金额为3天工资（假设日工资为Y，则扣款3Y），劳动者可主张返还金额=3Y-合法扣款部分（如有）。

2. 若用人单位扣款行为有合法依据

   • 合法情形示例：劳动合同或规章制度明确约定“旷工1天扣3天工资”，且该制度经民主程序制定并公示，劳动者已知情。
     
   • 限制条件：即使合法，扣款后剩余工资仍不得低于当地最低工资标准。例如，若劳动者月工资3000元，日工资约138元（3000÷21.75），旷工1天扣3天工资即扣414元，剩余2586元，若当地最低工资为2000元，则扣款合法；但若最低工资为2600元，则扣款违法，用人单位需补足差额。
     
   • 计算方式：合法扣款金额=min(3Y, X-当地最低工资标准)，超出部分需返还。

行动建议：

1. 核对劳动合同、规章制度中关于扣款的条款，确认是否明确约定“旷工1天扣3天工资”及制度是否合法有效；
   
2. 计算实际扣款后工资是否低于最低工资标准；
   
3. 若用人单位行为违法，可先与单位协商要求返还，协商不成可向劳动监察大队投诉（电话12333）或申请劳动仲裁（需准备劳动合同、工资条、扣款通知等证据）。
   

提示：日工资计算通常按月计薪天数21.75天折算（依据《关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知》），但部分地区可能按实际出勤天数计算，需结合当地规定。如有疑问，可进一步提供具体信息（如地区、工资结构、扣款原因等），我会为您细化分析。