结论前置：一天不能扣三天工资，这种做法在大多数情况下是不合法的，严重侵犯了劳动者获得劳动报酬的权利。
法律分析
劳动法基本原则
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。劳动者付出劳动，即享有获得相应劳动报酬的权利。一天扣三天工资，相当于额外克扣了劳动者两天的工资，这明显违反了这一基本原则。
扣款金额限制
- 即使劳动者因旷工等行为给用人单位造成了一定损失，用人单位在扣除工资时也需遵循法定限额。根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。一天扣三天工资的做法，很可能导致实际扣款超过这一比例，因此也是不合法的。
用人单位管理权限的边界
- 用人单位虽有权根据自身生产经营特点和经济效益确定工资分配方式和水平，并通过规章制度管理员工出勤等劳动纪律，但扣工资规定必须合理合法。直接扣除三天工资可能超出合理范围，有违劳动法风险，也违背了公平原则和劳动法保护劳动者合法权益的宗旨。
特殊情况处理
- 在某些特殊情况下，如果劳动者的缺勤行为确实给用人单位造成了重大经济损失，且用人单位能够充分证明损失的具体数额和关联性，并经过合法程序（如民主程序制定规章制度、向劳动者公示或告知等），可能会在合理范围内要求劳动者赔偿。但这种赔偿也需要遵循法律规定的程序和比例限制，即每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
劳动者权益保护建议
与单位协商
- 首先尝试与用人单位沟通，指出该规定的不合理和不合法性，要求按实际缺勤天数合理扣除工资，并返还多扣部分。
向劳动监察部门投诉
- 协商不成时，可向当地劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权监督检查用人单位遵守劳动保障法律情况，并对违法行为依法处理。根据《劳动保障监察条例》第二十六条，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资报酬的，由劳动保障行政部门分别责令限期支付劳动者的工资报酬；逾期不支付的，责令用人单位按照应付金额50％以上1倍以下的标准计算，向劳动者加付赔偿金。
申请劳动仲裁
- 若必要，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求支付被克扣的工资及经济补偿。申请时需提供劳动关系、出勤及工资发放等相关证据。
总结
综上所述，一天扣三天工资的做法不仅可能违反劳动法，还损害了劳动者的合法权益。作为劳动者，应了解自己的权利并采取适当措施维护；作为用人单位，则应确保规章制度符合法律法规，避免法律风险。双方应共同努力，营造和谐稳定的劳动关系环境。如果你还有其他关于劳动纠纷的问题，可以直接向我咨询。