针对您提出的“申请离职不通过且3天考勤异常”的问题，我会从几个方面为您详细解答，希望能帮助您理清思路并找到合适的解决途径。
一、理解考勤异常与离职申请的关系
首先，需要明确的是，考勤异常和离职申请不通过是两个独立但可能相互关联的问题。考勤异常通常指的是员工未按照公司规定的时间出勤，如迟到、早退、漏打卡或旷工等。而离职申请不通过则可能是由于公司政策、岗位需求、离职流程未完成或其他原因导致的。
二、分析考勤异常的可能原因及处理
个人原因导致的考勤异常：
- 如果您确实因为个人原因（如忘记打卡、迟到等）导致了考勤异常，那么根据公司的考勤制度，您可能需要接受相应的处罚或补救措施。
- 建议：查看公司考勤制度，了解具体处罚规定，并尽快与HR或直属上级沟通，说明情况并寻求解决方案。
流程未申请或申请未归档导致的考勤异常：
- 如果您已经提交了请假、调休等流程，但流程未归档或被退回，可能导致考勤异常。
- 建议：登录公司OA系统，检查流程状态。如果流程被退回，请查看退回原因并重新提交；如果流程未归档，请联系流程节点人催促处理。
已申请流程但显示异常：
- 如果您已经正确提交了流程，但考勤仍然显示异常，可能是系统错误或流程填写有误。
- 建议：首先检查流程填写是否正确，如有误则申请销假流程并重新提交；如果流程无误，则以邮件形式向HR反馈情况，并提供相关证据（如流程截图、打卡记录等）。
三、离职申请不通过的处理
了解不通过原因：
- 与HR或直属上级沟通，了解离职申请不通过的具体原因。
- 可能的原因：岗位需求、离职流程未完成、公司政策限制等。
根据原因寻求解决方案：
- 如果是岗位需求或公司政策限制导致的不通过，您可以与HR协商，了解是否有其他解决方案或调整离职时间。
- 如果是离职流程未完成导致的不通过，请尽快完成相关流程（如工作交接、物品归还等）。
四、针对考勤异常被扣工资的处理
收集证据：
- 劳动关系证明：劳动合同、工牌、工作证、工资条等。
- 考勤记录：打卡截图、考勤表照片等，证明您确实出勤。
- 工资被扣证明：显示被扣款的工资条、银行流水。
- 沟通记录：与老板或HR就此事沟通的录音、微信聊天记录等。
与老板协商：
- 携带收集的证据，与老板沟通，明确指出其行为涉嫌违法克扣工资，要求限期补发被扣的工资。
向劳动监察大队投诉：
- 如果协商无效，您可以携带证据前往公司所在地的劳动保障监察大队进行投诉。劳动监察部门会依法进行调查，并责令单位改正。
申请劳动仲裁：
- 如果投诉后问题仍未解决，您可以在法定时效内（通常为一年）向公司所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
向法院提起诉讼：
- 如果对仲裁结果不服，您可以在收到仲裁裁决书之日起15日内向人民法院提起诉讼。
五、总结与建议
- 保持冷静与理性：面对考勤异常和离职申请不通过的问题，保持冷静与理性至关重要。不要因为情绪激动而做出冲动的决定或行为。
- 积极沟通与协商：与HR或直属上级保持积极沟通，了解问题原因并寻求解决方案。通过协商，往往能够找到双方都能接受的解决方案。
- 依法维护权益：如果公司存在违法行为（如克扣工资），您有权依法维护自己的权益。通过收集证据、投诉、仲裁或诉讼等途径，确保自己的合法权益得到保障。
希望以上解答能够帮助您理清思路并找到合适的解决途径。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。