结论前置：
- 若公司规章制度明确规定旷工三天为自动离职且合法有效：公司可依据此规定解除劳动合同，但需确保处理过程合法合规，包括通知员工、办理离职手续及财务结算等。
- 若公司规章制度未明确规定或规定不合法：公司不能随意将旷工三天的员工视为自动离职，否则可能面临违法解除劳动合同的法律风险。
一、公司规章制度明确规定旷工三天为自动离职且合法有效的情况
规章制度制定与公示：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，公司制定规章制度时，若涉及劳动者切身利益，如劳动纪律等，必须经由职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商后确定。
- 规章制度制定后，需通过适当方式公示或告知劳动者，如发放员工手册、组织培训、公告栏张贴等，确保员工知晓。
解除劳动合同流程：
- 考勤核实：人力资源部门或考勤管理部门首先通过考勤记录系统、打卡记录、门禁记录等多种方式核实员工是否连续旷工三天。
- 内部沟通：核实后，将旷工情况通报给员工所在部门负责人，进一步了解员工近期工作状态及旷工原因，并填写离职审批表，提交给上级领导及相关部门审批。
- 通知员工：审批通过后，公司应书面通知员工其已因旷工三天达到自动离职条件，明确指出旷工事实、公司依据的规章制度条款、自动离职生效日期等信息，并通过邮件、EMS等方式发送。
- 解除劳动合同：基于《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条的规定，公司可以解除劳动合同，并确保通知内容符合法律要求。
- 离职手续办理：员工收到通知后，按规定时间到公司办理离职手续，包括归还公司财物、交接工作、财务结算等。公司应结清员工工资，并办理好社保手续，注意不能随意克扣员工工资，只能按事假扣发旷工当天的工资。
- 出具离职证明：办理完毕后，公司为员工出具离职证明，证明员工已与公司解除劳动关系。
法律依据：
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条：劳动者严重违反用人单位规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第五十条：用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。
二、公司规章制度未明确规定或规定不合法的情况
规章制度无效性：
- 若公司规章制度未明确规定旷工三天为自动离职，或规定内容违法、不合理，或未经民主程序制定且未向劳动者公示，则该规定无效。
- 在此情况下，公司不能随意将旷工三天的员工视为自动离职，否则可能面临违法解除劳动合同的法律风险。
法律后果：
- 若公司违法解除劳动合同，员工有权要求公司支付违法解除劳动合同的赔偿金，赔偿金标准为经济补偿标准的二倍。
- 经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
争议处理途径：
- 协商解决：员工可首先与公司沟通，要求说明解除劳动合同的依据和理由，争取和解。
- 劳动仲裁：若协商无果，员工可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付违法解除劳动合同的赔偿金。
- 提起诉讼：对仲裁结果不满，员工还可向人民法院提起诉讼，进一步维护自身权益。
三、对员工和公司的建议
对于员工：
- 应严格遵守公司的规章制度，按时出勤，以维护自身的合法权益。
- 若认为公司规章制度中存在不合理或不合法的条款，有权向相关部门投诉或寻求法律援助。
- 在面对公司违法解除劳动合同的情况时，应积极与公司沟通，妥善处理相关事宜，并在必要时通过法律途径维护自己的权益。
对于公司：
- 应制定合法有效的规章制度，并确保其内容合理、经过民主程序制定且已向劳动者公示。
- 在处理旷工问题时，应依据规章制度进行，避免违法解除劳动合同的法律风险。
- 在解除劳动合同时，应确保处理过程合法合规，包括通知员工、办理离职手续及财务结算等，以维护公司的声誉和利益。