结论：员工在公司未续签劳动合同且已申请仲裁二倍工资差额的情况下，仍然可以辞职。不过，在辞职时，员工需要注意一些事项以确保自身权益不受损害。
分析说明：
辞职的合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，员工有权在劳动合同期限内或者劳动合同到期后选择辞职。公司未续签劳动合同，并不影响员工辞职的合法性。员工辞职是其个人权利，不受公司是否续签劳动合同的影响。
辞职与仲裁的关系：
- 员工已经申请了仲裁二倍工资差额，这是员工维护自身权益的一种方式。辞职并不会影响仲裁的进行或结果。仲裁机构会独立、公正地审理案件，并根据事实和法律作出裁决。
辞职时需要注意的事项：
- 书面通知：员工辞职时，最好以书面形式通知公司，并保留好通知的证据，如邮件、短信或书面信件等。这有助于证明员工已经履行了通知义务，避免后续纠纷。
- 工作交接：员工在辞职前，应与公司做好工作交接，确保工作的连续性和稳定性。这有助于维护公司的正常运营，也体现了员工的职业素养。
- 工资和福利结算：员工在辞职时，应与公司结算清楚工资、奖金、福利等所有应得款项。如果公司存在拖欠或克扣工资的情况，员工可以通过法律途径维护自身权益。
- 保留证据：员工在辞职过程中，应保留好所有与辞职相关的证据，如辞职通知、工作交接记录、工资结算单等。这些证据在后续可能出现的纠纷中，将起到至关重要的作用。
可能面临的法律后果：
- 如果员工在辞职过程中违反了法律法规或劳动合同的约定，如未提前通知公司、未做好工作交接等，可能会面临一定的法律后果，如承担违约责任、赔偿公司损失等。因此，员工在辞职时应谨慎行事，确保自己的行为符合法律法规和劳动合同的约定。
行动建议：
- 如果你决定辞职，建议先与公司进行沟通，明确辞职的意愿和原因，并协商好工作交接和工资结算等事宜。
- 在辞职过程中，务必保留好所有相关证据，以备不时之需。
- 如果公司在辞职过程中存在违法行为或侵犯你的权益，你可以及时向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
特殊场景：
- 如果员工与公司之间存在其他未解决的纠纷或争议，如加班费、社会保险等，员工可以在辞职时一并提出，并通过协商、仲裁或诉讼等方式解决。
相关法规：
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条：劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第五十条：用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。用人单位依照本法有关规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本，至少保存二年备查。
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