结论：同一部门内公司对部分人实行单休、部分人实行双休，是否构成针对性，不能一概而论，需要结合具体情况来判断。

分析如下：

1. 从公司制度合法性角度：

   • 根据《国务院关于职工工作时间的规定》第三条，职工每日工作8小时、每周工作40小时是标准工时制度。公司应尽量实行这一标准工时制度，确保员工每周至少休息一天。
   • 如果公司因工作性质或生产特点不能实行标准工时制度，应保证劳动者每天工作不超过8小时、每周工作不超过40小时、每周至少休息一天。这意味着，即使公司实行不同的工时制度（如单休或双休），也必须确保员工的总工作时间不超过法定标准，并且每周至少有一天休息。
   • 若公司对部分员工实行单休，部分员工实行双休，但所有员工的总工作时间均未超过法定标准，且每周都至少有一天休息，那么这种安排在法律上可能是合法的，不一定构成针对性。

2. 从公平性角度：

   • 如果公司对同一部门内的员工实行不同的工时制度，且这种差异没有合理的解释或依据（如岗位性质、工作强度、个人意愿等），那么这种安排可能被视为不公平或具有针对性。
   • 员工可能会认为公司对其实行单休是出于不公平的考虑，如歧视、偏见或故意增加工作负担等。这种情况下，即使公司的安排在法律上合法，也可能引发员工的不满和纠纷。

3. 从实际操作角度：

   • 公司应尽量避免在同一部门内实行不同的工时制度，以减少管理成本和潜在的纠纷。
   • 如果确实需要实行不同的工时制度，公司应提前与员工进行充分沟通，解释原因和依据，并确保所有员工的权益都得到保障。

建议：

• 对于公司：在制定工时制度时，应充分考虑员工的权益和公平性，避免在同一部门内实行不同的工时制度。如果确实需要实行，应提前与员工进行沟通，并确保所有员工的总工作时间均未超过法定标准，且每周都至少有一天休息。
• 对于员工：如果认为自己被不公平地对待，可以与公司进行沟通协商，表达自己的诉求和意见。如果沟通无果，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

最后，劳动纠纷的处理往往涉及复杂的法律问题和实际情况，如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。