针对您提出的“职工工伤鉴定九级后已超过12个月仍拒绝来上班”的问题，以下是我的详细解答：

1. 明确停工留薪期与后续处理原则

   • 停工留薪期是员工因工作受伤或患职业病需暂停工作接受医疗的期间，一般不超过12个月，特殊情况下可适当延长，但延长也不得超过12个月。在停工留薪期内，员工原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。
   • 工伤职工评定伤残等级后，停发原待遇，按照相关规定享受伤残待遇。若工伤职工在停工留薪期满后仍需治疗的，继续享受工伤医疗待遇。但若已评定伤残等级且超过停工留薪期，员工无正当理由拒绝上班，则用人单位需依法处理。

2. 与员工进行沟通与了解原因

   • 无论是否在停工留薪期内，用人单位首先应与员工进行面对面或书面沟通，了解其不上班的具体原因。这包括身体状况是否恢复、对鉴定结果是否有异议、是否存在其他个人原因等。
   • 沟通过程中，用人单位应保持耐心和尊重，确保员工感受到关怀和支持。同时，沟通过程应有详细记录，并保留相关证据，如沟通记录、邮件等，以备后续处理之需。

3. 根据具体情况采取相应措施

   • 若员工身体原因仍需治疗：
     • 要求员工提供正规医疗机构的相关证明，确认其确实需要继续治疗。
     • 根据实际情况，给予员工适当的医疗期或协商调岗，确保员工在身体条件允许的情况下能够逐步恢复工作。
   • 若员工对鉴定结果不满：
     • 向员工解释鉴定程序和结果，告知其合法申诉途径，如申请重新鉴定或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁等。
     • 鼓励员工先返回工作岗位，同时积极处理其申诉事宜，避免影响正常工作秩序。
   • 若员工无正当理由拒不返岗：
     • 用人单位应按照规章制度发出书面警告信，明确要求其限期返回，并说明逾期后果。
     • 若警告无效，可按照旷工进行处理，包括扣除工资、记过等措施。但需注意，处理过程应合法合规，避免侵犯员工合法权益。
     • 作为最终手段，若员工严重违反规章制度，用人单位可依据《劳动合同法》第三十九条解除劳动合同。但在此之前，必须确保已履行必要的通知、协商程序，且规章制度的制定和实施符合法律规定。

4. 注意事项与建议

   • 合法合规处理：整个处理过程必须严格遵守法律法规和劳动合同的规定，避免任何违法违规行为。特别是解除劳动合同的决定，必须基于充分的事实和法律依据，确保程序合法。
   • 经济补偿问题：在解除劳动合同时，根据法律规定和员工工作年限，可能需要支付经济补偿金。用人单位应提前了解相关法律规定，确保经济补偿的支付符合法律要求。
   • 建立健全规章制度：用人单位应建立健全规章制度，明确员工在工伤后的权利和义务，以及违反规定的后果。这有助于规范员工行为，减少劳动争议风险。
   • 加强沟通与关怀：在处理过程中，用人单位应加强与员工的沟通与关怀，了解其需求和困难，提供必要的帮助和支持。这有助于缓解员工情绪，促进问题妥善解决。

总结来说，针对职工工伤鉴定九级后已超过12个月仍拒绝来上班的情况，用人单位应首先与员工进行沟通了解原因，然后根据具体情况采取相应措施。在处理过程中，必须确保合法合规，兼顾人文关怀，通过沟通、协商和依法处理，寻求最佳解决方案。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。