合作协议中仲裁乱扣工资的行为，一般是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：
一、合作协议与工资扣除的合法性基础
合作协议，本质上是一种合同关系，它规定了双方的权利和义务。在合作协议中，如果约定了工资的支付方式、金额以及扣除条件等，那么这些条款应当遵循《中华人民共和国劳动合同法》（若涉及劳动关系）或《中华人民共和国民法典》合同编（若为一般民事合作关系）的相关规定。
劳动关系下的工资扣除：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十条，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
- 若用人单位要扣除工资，必须基于合法、合理的理由，如劳动者违反规章制度、造成经济损失等，并且扣除的金额和方式需符合法律法规的规定。
- 仲裁机构在裁决时，也会严格审查用人单位扣除工资的合法性和合理性。如果用人单位无法提供充分证据证明其扣除工资的合法性，仲裁机构很可能不会支持其主张。
一般民事合作关系下的工资扣除：
- 如果合作协议不属于劳动关系，而是基于《中华人民共和国民法典》合同编的一般民事合作关系，那么工资的扣除同样需要遵循合同约定和法律规定。
- 合作双方可以在协议中明确约定工资的支付方式、金额以及扣除条件等。但这些约定必须合法、合理，不得违反法律法规的强制性规定。
- 如果一方未经对方同意擅自扣除工资，或者扣除的金额和方式违反了合同约定和法律规定，那么另一方有权要求其返还被扣除的工资，并可能要求其承担违约责任。
二、仲裁乱扣工资的具体情形分析
无合法依据的扣除：
- 如果仲裁机构在裁决时，没有充分的法律依据或事实依据来支持用人单位扣除工资的主张，那么这种扣除就是不合法的。
- 例如，用人单位仅凭主观臆断或未经证实的指控就扣除劳动者工资，或者扣除的金额明显超过劳动者实际造成的损失等。
违反合同约定的扣除：
- 如果合作协议中明确规定了工资的支付方式和扣除条件，但用人单位在执行时违反了这些约定，那么这种扣除也是不合法的。
- 例如，协议中约定只有劳动者严重违反规章制度时才能扣除工资，但用人单位却因劳动者轻微违纪就扣除工资等。
三、应对策略与建议
审查合作协议：
- 首先，你需要仔细审查合作协议中关于工资支付和扣除的条款，确保这些条款合法、合理且明确无误。
收集证据：
- 如果你认为用人单位或仲裁机构在扣除工资方面存在违法行为，那么你需要收集相关证据来支持你的主张。这些证据可以包括工资条、银行转账记录、合作协议、规章制度、违纪记录等。
寻求法律援助：
- 如果你无法自行解决纠纷，或者认为自己的权益受到了严重侵害，那么你可以寻求法律援助或咨询专业律师（比如我）。我可以根据你的具体情况，为你提供专业的法律建议和帮助。
申请仲裁或提起诉讼：
- 如果双方无法协商解决纠纷，那么你可以根据合作协议中的仲裁条款或相关法律法规的规定，向仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼来维护自己的合法权益。
总结来说，合作协议中仲裁乱扣工资的行为一般是不合法的。如果你遇到了这种情况，不要慌张，先审查合作协议、收集证据，并寻求法律援助来维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。