双方协商同意扣工资是否合法，需分情况讨论：

1. 合法情形：

   • 依据合法理由协商扣减：如果双方协商同意扣工资是基于合法、合理的理由，例如员工因个人原因给公司造成了经济损失，且公司能够证明该损失与员工行为存在直接因果关系，同时扣减的金额不超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不低于当地最低工资标准，那么这种协商扣减工资的行为是合法的。这是基于《工资支付暂行规定》第十六条的规定，即“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付”。
   • 符合劳动合同或规章制度约定：如果双方在劳动合同中明确约定了某些情况下可以扣减工资，或者公司的规章制度中对此有明确规定，并且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么双方协商同意按照这些约定或规定扣减工资也是合法的。

2. 不合法情形：

   • 无合法理由协商扣减：如果双方协商同意扣工资没有合法、合理的理由，或者扣减的理由违反了法律法规的强制性规定，那么这种协商扣减工资的行为是不合法的。例如，公司不能以员工未参加公司组织的培训为由扣减工资，除非这种培训是员工必须参加的，且公司能够证明员工未参加培训给公司造成了实际损失。
   • 扣减金额超过法定限制：即使双方协商同意扣工资，但如果扣减的金额超过了员工当月工资的20%，或者扣除后剩余工资低于当地最低工资标准，那么这种协商扣减工资的行为也是不合法的。
   • 违反劳动合同或规章制度约定：如果双方在劳动合同中明确约定了不得扣减工资，或者公司的规章制度中对此有明确禁止性规定，那么双方协商同意扣减工资的行为就违反了这些约定或规定，因此是不合法的。

建议：

• 在协商扣减工资前，双方应明确扣减的理由、金额和方式，并确保这些约定不违反法律法规的强制性规定。
• 如果公司希望扣减工资，应确保有合法、合理的理由，并按照法定程序进行，如与员工协商、签订书面协议等。
• 如果员工对扣减工资有异议，可以与公司进行沟通协商，或者向当地劳动监察部门投诉举报，以维护自己的合法权益。

可能后果：

• 如果公司违法扣减工资，员工有权要求公司补发被扣减的工资，并可能要求公司支付经济补偿金或赔偿金。
• 如果员工因此与公司发生劳动争议，可以通过劳动仲裁或诉讼等法律途径解决。

希望以上分析能对你有所帮助。如果你还有其他关于劳动工伤（工资福利）方面的问题，可以直接向我咨询。