协商辞职时公司扣钱是否合法，需分情况讨论：

1. 若公司扣钱有合法依据：

   • 法律依据：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
   • 具体情形：例如，员工在离职前因故意或重大过失导致公司财产损失，且公司能提供充分证据证明损失金额及员工责任，那么公司在协商辞职时要求员工赔偿，并在工资中扣除相应金额，是合法的。但扣除比例需严格遵守上述规定。

2. 若公司扣钱无合法依据：

   • 非法情形：如果公司扣钱并非基于员工造成的经济损失，或者扣除比例超过了法定限制，又或者公司无法提供充分证据证明员工应承担赔偿责任，那么公司的扣钱行为就是违法的。
   • 法律后果：员工有权向劳动监察部门投诉，要求公司补发被扣的工资，并可能获得相应的赔偿。同时，员工也可以申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。

额外建议：

• 保留证据：无论公司扣钱是否合法，员工都应保留好相关证据，如工资条、扣款通知、劳动合同等，以便在需要时证明自己的权益。
• 协商沟通：在协商辞职时，员工应与公司就工资结算、赔偿等问题进行充分沟通，尽量达成一致意见，避免不必要的纠纷。
• 法律途径：如果协商无果，员工可以寻求法律帮助，通过劳动仲裁或诉讼等方式解决争议。

总结：协商辞职时公司扣钱是否合法，取决于扣钱是否有合法依据以及扣除比例是否符合法律规定。员工在面对公司扣钱时，应了解自己的权益和法律规定，必要时寻求法律帮助以维护自己的合法权益。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。