公司扣员工工资是否合法以及是否可以仲裁，需分情况讨论：
公司扣工资无正当理由，属于违法行为：
- 根据《劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。若公司无故扣发工资，显然违反了这一法律规定。
- 在此情况下，劳动者有权依据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条的规定，因劳动报酬等发生的争议申请劳动仲裁，要求公司足额支付被克扣的工资及可能产生的赔偿金。
公司扣工资有正当理由，则不属于违法行为：
- 若公司扣工资是基于合法的规章制度或劳动者自身过错（如严重违反公司规章制度、给公司造成重大损失等），且该规章制度或扣工资行为符合法律法规的规定，那么公司的扣工资行为可能是合法的。
- 在这种情况下，劳动者申请劳动仲裁可能不会得到支持，因为仲裁委员会会审查扣工资行为的合法性和合理性。
关于是否可以仲裁：
- 无论公司扣工资是否合法，劳动者都有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。但仲裁的结果将取决于公司扣工资行为的合法性和合理性，以及劳动者提供的证据是否充分。
- 劳动者在申请仲裁前，应收集并整理好相关证据，如劳动合同、工资条、银行工资流水明细、考勤记录以及公司扣工资的相关通知或记录等，以证明与公司存在劳动关系以及公司存在扣工资的事实。
申请劳动仲裁的流程：
- 提交仲裁申请：向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会提交书面仲裁申请。申请书应详细说明申请人与被申请人的基本信息、仲裁请求、事实与理由等内容，并附上收集的证据材料。
- 等待受理与通知：仲裁委员会在收到申请后会进行审查，符合受理条件则予以受理，并将仲裁申请书副本送达被申请人，同时通知双方开庭时间。
- 开庭审理：双方当事人在指定时间到达仲裁庭参加庭审。在庭审过程中，双方可以进行陈述、举证、质证等环节，就争议焦点进行辩论。
- 裁决与执行：仲裁庭在审理后作出裁决。若用人单位对裁决结果不履行，劳动者可在规定期限内向法院申请强制执行。一般情况下，仲裁庭会在受理仲裁申请之日起45日内结束审理，案情复杂需要延期的，延长期限不得超过15日。
注意事项：
- 劳动者应在扣工资行为发生之日起一年内提起仲裁，以确保符合《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》规定的仲裁时效。
- 在整个仲裁流程中，劳动者应积极配合仲裁庭的工作，提供必要的证据和材料，并按时参加庭审等活动。
综上所述，当公司扣员工工资时，劳动者应首先判断公司扣工资的行为是否合法，然后根据情况决定是否申请劳动仲裁。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。