劳动仲裁申请本身并不会直接导致被扣工资，但如果是用人单位存在乱扣工资的行为，劳动者有权通过劳动仲裁来维护自己的合法权益，要求用人单位支付被扣的工资。以下从多个角度为你详细分析：
一、用人单位扣工资的合法性判断
合法扣减：
- 根据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，用人单位在特定情况下可以合法扣减劳动者工资，如代扣代缴个人所得税、社会保险费、住房公积金等法定费用，以及因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，并从其工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
非法扣减：
- 如果用人单位无正当理由，如未与劳动者协商一致、未按照法定程序进行等，擅自扣减劳动者工资，则属于违法行为。这种情况下，劳动者有权通过劳动仲裁等法律途径来维护自己的合法权益。
二、劳动仲裁申请流程
如果你认为用人单位存在乱扣工资的行为，可以按照以下步骤申请劳动仲裁：
明确申请条件与时效：
- 确保你是与本案有直接利害关系的劳动者，而被申请人应为存在乱扣工资行为的用人单位。
- 劳动争议申请仲裁的时效期间通常为一年，自你知道或应当知道权利被侵害之日起计算。
全面收集证据：
- 准备劳动合同、工资条/银行流水（对比合同约定与实际发放的工资，揭示差异）、考勤记录（如用人单位以出勤为由扣工资，此记录可证明你的实际出勤情况）以及其他辅助证据（如工作证、考勤卡、同事证言等），用于辅助证明劳动关系及工作情况。
撰写并提交仲裁申请书：
- 填写个人信息，包括姓名、性别、年龄、职业、工作单位、住所及用人单位的详细信息。
- 明确仲裁请求与事实理由，清晰陈述要求支付的被扣工资金额，并详细说明用人单位乱扣工资的事实经过及法律依据。
- 列出证据清单，详细列明所收集的证据名称、来源及证人信息。
选择仲裁委员会并提交申请：
- 向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会提出申请。
- 提交仲裁申请书（一式三份）、身份证复印件、用人单位工商登记信息及全部证据材料。
后续流程与应对：
- 等待受理：仲裁委员会将在五日内决定是否受理申请，并通知你结果。如需补充或修改材料，他们会给予指导。
- 参加开庭审理：双方将出席庭审，你需陈述主张、出示证据，并进行辩论。
- 接收裁决书：仲裁庭将在受理后的四十五日内作出裁决。如对裁决不满，可在收到裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。
三、法律后果与建议
法律后果：
- 如果劳动仲裁裁决用人单位支付被扣的工资，用人单位必须履行裁决义务，否则劳动者可以向人民法院申请强制执行。
- 如果用人单位拒不履行裁决义务，还可能面临法律制裁，如被列入失信被执行人名单等。
建议：
- 在申请劳动仲裁前，尽量与用人单位进行协商，尝试通过友好方式解决问题。
- 如果协商无果，再考虑申请劳动仲裁。在申请过程中，保持冷静、理性，并遵循法律程序。
- 如有需要，可以寻求专业律师的帮助，以确保你的权益得到充分维护。
如果你在劳动仲裁过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。