遇到合同乱扣工资的情况，劳动者应当积极采取措施，按照以下步骤来维护自身的合法权益：

一、与用人单位协商解决

这是解决问题的第一步，也是最直接的方式。劳动者应首先明确工资的构成和计算方式，了解单位扣工资的具体原因。然后，收集好考勤记录、劳动合同、工资条等相关证据，以便在协商时能够清晰、有力地说明情况。接下来，以平和的态度与用人单位的负责人或人力资源部门进行沟通，指出工资计算存在的问题，并要求单位提供扣工资的具体理由及规章制度依据。如果确实是计算错误或理解偏差，通过友好沟通往往能够较快地解决问题。

二、向劳动监察部门投诉

如果与用人单位协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉。劳动监察部门是负责受理违反劳动保障法律、法规或规章的行为举报、投诉的机构。投诉时，劳动者需要准备好身份证明、劳动合同、工资条、考勤记录等证据材料，并填写投诉登记表，详细说明投诉事项和要求。劳动监察部门接到投诉后，会对用人单位进行调查核实。如果查证属实，会责令用人单位限期支付克扣的工资，并可依法对用人单位进行处罚。

三、申请劳动仲裁

如果投诉仍然无法解决问题，劳动者可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁。申请仲裁时，需要注意仲裁时效，即劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，自当事人知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。申请仲裁时，劳动者需要提交仲裁申请书，并按被申请人人数提交副本。仲裁申请书应载明劳动者和用人单位的基本信息、仲裁请求、事实和理由等内容，并附相关证据材料。仲裁委员会受理后，会安排开庭审理，双方可进行举证、质证和辩论，仲裁庭会根据双方提供的证据和陈述作出裁决。

四、向法院提起诉讼

如果劳动者对劳动仲裁结果不服，可以在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。另外，如果用人单位在劳动争议仲裁委员会作出支付工资的裁决后，既不起诉又不履行，劳动者也可以直接向人民法院申请强制执行。提起诉讼时，劳动者需要向有管辖权的人民法院提交起诉状和相关证据材料。法院受理后，会安排开庭审理，并根据双方的证据和法律规定作出判决。

五、寻求法律援助

在整个过程中，如果劳动者遇到法律问题或难以自行解决纠纷，可以随时咨询专业律师或法律机构。他们可以提供法律建议，帮助分析案情，甚至代表劳动者与用人单位进行协商或提起诉讼。

综上所述，面对合同乱扣工资的情况，劳动者应保持冷静并理性应对。通过了解相关法律法规、明确自身权益、与用人单位沟通以及寻求法律援助等途径来有效维护自己的合法权益。同时，也要注意收集和保存相关证据，以便在需要时证明自己的主张。