公司要求签署协议扣工资是否合理，这不能一概而论，需要分情况讨论：
若协议内容合法且符合劳动合同或公司规章制度：
- 如果公司要求签署的协议中关于扣工资的条款是合法的，比如基于员工违反公司规章制度、给公司造成损失等合理原因，并且这些原因在劳动合同或公司规章制度中有明确规定，同时公司能够证明员工的违规行为或损失与扣工资之间存在直接关联，那么这种扣工资的行为可能是合理的。但即便如此，扣工资的数额也应当合理，不能超过法定限度，比如根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
若协议内容违法或未遵循法定程序：
- 如果公司要求签署的协议中关于扣工资的条款违反了法律法规的强制性规定，比如无故克扣工资、以非法目的扣工资等，或者公司未按照法定程序（如未事先告知员工、未与员工协商一致等）就擅自扣工资，那么这种行为是不合理的，也是违法的。员工有权拒绝签署这样的协议，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
法律建议：
- 在面对公司要求签署扣工资协议时，员工应仔细阅读协议内容，了解扣工资的具体原因、数额和方式等。
- 如果对协议内容有疑问或认为不合理，员工有权拒绝签署，并可以与公司进行协商或寻求法律援助。
- 如果公司坚持要求签署并实施了扣工资行为，员工可以收集相关证据（如协议文本、工资条、考勤记录等），向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的权益。
可能法律后果：
- 如果公司扣工资行为合法且合理，员工可能需要接受扣工资的事实，但有权要求公司出具合法的扣款依据和说明。
- 如果公司扣工资行为违法或不合理，员工有权要求公司补发被扣的工资，并可能获得相应的经济补偿或赔偿。同时，公司还可能面临劳动监察部门的处罚或法律诉讼的风险。
总之，公司要求签署协议扣工资是否合理，取决于协议内容的合法性和合理性以及公司是否遵循了法定程序。员工在面对这种情况时，应保持冷静和理性，了解自己的权益和义务，并寻求合适的法律途径来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。