公司签订工资支付协议在符合法律规定的情况下是合法的。以下从多个角度为您详细分析：
一、合法性与有效性
协商一致原则：工资支付协议的合法性首先基于用人单位与劳动者双方协商一致的原则。只要双方在平等、自愿、公平的基础上真实表达自己的意愿，并达成一致，该协议即具有法律效力。
劳动合同中的明确记载：工资支付协议应明确记载于劳动合同中，作为双方权利和义务的重要依据。劳动合同中应详细列明工资数额、构成（如基本工资、绩效工资等）以及支付方式（支付时间、形式等），以确保劳动者的知情权及后续的工资权益维护。
二、最低工资标准限制
工资支付协议不得违反法律法规的强制性规定，特别是不得低于当地政府规定的最低工资标准。这是保障劳动者基本生活的法定底线，任何低于此标准的工资约定均属无效。例如，若当地最低工资标准为每月2000元，而协议中约定的工资为每月1800元，则该约定因违反最低工资标准而无效。
三、特殊劳动条件下的工资保障
对于加班、高温、有毒有害等特殊工作环境下的劳动者，法律有额外的工资支付规定。工资支付协议在约定时，必须充分考虑并遵守这些特殊规定，确保劳动者获得应有的合理补偿。例如，加班工资应按照法律规定进行计算和支付，不得通过协议形式规避。
四、法律责任
若用人单位未按工资支付协议约定支付工资，或支付的工资低于最低工资标准，将面临严格的法律责任。这包括但不限于补足差额、支付加班费、经济补偿，甚至可能加付赔偿金。例如，若用人单位未按时支付工资，劳动者有权要求用人单位支付拖欠的工资及相应的经济补偿。
五、争议解决机制
若双方对工资支付协议存在不明确或争议，应首先通过协商寻求解决方案。协商不成时，可依据集体合同条款执行；若无集体合同或集体合同中未明确劳动报酬，则应遵循同工同酬原则。最终，若仍无法解决问题，需依照国家相关法规进行裁决。例如，双方可向劳动争议调解委员会申请调解，或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
六、实际操作建议
明确协议内容：在签订工资支付协议时，双方应明确协议内容，包括工资数额、构成、支付方式等，以避免后续争议。
遵守法律法规：协议内容应严格遵守法律法规的强制性规定，特别是最低工资标准、加班工资支付等规定。
保留相关证据：双方应保留与工资支付协议相关的证据，如劳动合同、工资条、银行转账记录等，以备不时之需。
总结来说，公司签订工资支付协议在符合法律规定的情况下是合法的，但必须确保协议内容不违反法律法规的强制性规定，并充分考虑劳动者的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。