未足额缴纳社保公积金在离职协议中约定补偿是否合法需分情况讨论：

1. 关于社保未足额缴纳的补偿约定
   根据《社会保险法》第六十三条，用人单位未按时足额缴纳社保费的，由社保征收机构责令补缴或追缴，并可能加收滞纳金或罚款。离职协议中约定以现金补偿替代补缴社保的行为因违反法律强制性规定而无效。即使双方达成书面协议，劳动者仍有权通过社保部门投诉要求补缴，且用人单位可能面临行政处罚。

2. 关于公积金未足额缴纳的补偿约定
   依据《住房公积金管理条例》第三十八条，单位逾期不缴或少缴公积金的，由住房公积金管理中心责令限期缴存。离职协议中约定以现金补偿替代补缴公积金的行为同样因违反法律强制性规定而无效。劳动者可向公积金管理中心投诉，要求单位补缴差额部分。

3. 合法补偿的例外情形
   若离职协议中约定的补偿内容不涉及替代社保/公积金的法定缴纳义务，而是针对用人单位未足额缴纳导致劳动者实际损失（如医疗费用无法报销、公积金贷款额度降低等）的赔偿，则该约定可能被认定为合法有效。但需注意：

   • 赔偿金额需与实际损失直接相关；
     
   • 不得以赔偿为由免除用人单位的法定补缴义务。

实务建议：

• 对劳动者：若发现单位未足额缴纳社保公积金，优先通过行政投诉途径追缴，避免签署可能无效的补偿协议；
  
• 对用人单位：应依法足额缴纳社保公积金，勿试图通过协议规避法定义务，否则可能面临补缴、罚款及劳动争议风险。
  

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