员工签协议补偿公积金的钱，该协议是否合法需分情况讨论。
若协议内容违反法律强制性规定：
- 根据《住房公积金管理条例》，单位为职工缴存住房公积金是法定义务，具有强制性，不能通过协议约定排除。因此，如果员工与单位签署的协议中明确约定不缴纳公积金，或者以补偿金的形式替代公积金缴纳，这样的协议通常会被认定为无效。因为违反了法律强制性规定的协议，自始无效。
- 法律后果：若员工事后要求单位补缴公积金，单位不能以协议为由拒绝。员工有权向住房公积金管理中心投诉举报，管理中心有权责令单位限期办理缴存登记或补缴，逾期不办理会面临罚款。
若协议内容未违反法律强制性规定，且为双方真实意思表示：
- 如果赔偿协议中明确约定了包含公积金补偿，且该补偿方式不违反法律强制性规定（例如，不是以替代公积金缴纳为目的，而是作为额外的补偿），同时该协议是双方真实意思表示，不存在欺诈、胁迫等情形，那么这样的协议可能是有效的。但需要注意的是，即使协议有效，如果补偿的金额或方式不符合法律规定（如低于法定公积金缴纳标准），员工仍有可能在事后要求单位按照法律规定补缴公积金。
- 特殊情况：若协议中约定员工放弃追讨公积金的权利，此约定可能因违反法规强制性要求而无效。因为缴纳公积金是用人单位的法定义务，不随当事人约定而排除。所以，员工仍有权向住房公积金管理中心投诉，要求单位补缴欠缴的公积金。
建议与措施：
- 对于员工而言，在签署任何涉及公积金的协议前，应仔细阅读协议内容，确保自己的权益不受侵害。如果对协议内容有疑问或不确定，建议咨询专业律师。
- 对于单位而言，应严格遵守法律法规，按照规定为员工缴存住房公积金。不要试图通过协议方式规避法定义务，以免面临法律风险和罚款。
总结：员工签协议补偿公积金的钱是否合法，取决于协议内容是否违反法律强制性规定以及是否为双方真实意思表示。在签署协议前，双方应充分了解法律法规，确保协议内容合法合规。如果有任何疑问或不确定，建议直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。