结论：公司未办理特殊工种认定，是否需要赔偿需分情况讨论，主要取决于是否因此导致员工无法享受特殊工种相关的工伤保险待遇或退休权益受损。以下从不同角度详细分析：

1. 若因公司未办理特殊工种认定，导致员工无法享受特殊工种提前退休或相关待遇

• 法律背景：根据《国务院关于工人退休、退职的暂行办法》及地方性规定，从事井下、高空、高温、特别繁重体力劳动或其他有害身体健康工作的员工，满足一定年限后可提前退休。若公司未按规定向劳动部门申报特殊工种，员工可能无法被认定为特殊工种，从而丧失提前退休资格。
• 法律后果：若员工因此无法提前退休，公司可能需承担赔偿责任。例如，员工可能要求公司补偿因延迟退休导致的工资损失、养老金差额等。但需注意，此类赔偿需以员工实际损失为前提，且需证明公司未申报与损失之间的因果关系。
• 建议：员工可先向公司提出补办特殊工种认定的申请，若公司拒绝，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司承担相应责任。

2. 若因公司未办理特殊工种认定，导致员工在工伤事故中无法享受特殊工种工伤保险待遇

• 法律背景：特殊工种员工在工伤事故中，可能享受更高的工伤保险待遇（如更高的伤残津贴、一次性伤残补助金等）。若公司未办理特殊工种认定，员工可能无法按特殊工种标准获得赔偿。
• 法律后果：若员工因未被认定为特殊工种而遭受工伤保险待遇损失，公司可能需承担补充赔偿责任。但需注意，此类赔偿需以员工实际损失为前提，且需证明公司未申报与损失之间的因果关系。
• 建议：员工在发生工伤事故后，应立即向公司报告并要求公司申请工伤认定。若公司未申请，员工可自行向当地社会保险行政部门申请工伤认定，并要求公司按特殊工种标准赔偿损失。若公司拒绝，可申请劳动仲裁或提起诉讼。

3. 若公司未办理特殊工种认定，但未影响员工实际权益

• 法律分析：若公司未办理特殊工种认定，但员工未因此遭受实际损失（如未影响退休、未发生工伤事故等），则公司无需承担赔偿责任。
• 建议：员工可与公司沟通，要求公司补办特殊工种认定，以备不时之需。若公司拒绝，员工可向当地劳动监察部门反映情况，但无需立即采取法律行动。

4. 公司未办理特殊工种认定的行政责任

• 法律背景：根据《劳动保障监察条例》等相关规定，公司未按规定向劳动部门申报特殊工种，可能面临劳动保障行政部门的处罚（如警告、罚款等）。
• 法律后果：公司可能因未申报特殊工种而受到行政处罚，但此类处罚与员工个人赔偿无直接关联。员工若因公司未申报而遭受损失，仍需通过民事途径主张赔偿。
• 建议：员工可向当地劳动监察部门投诉公司未申报特殊工种的行为，但需明确投诉目的（如要求公司补办认定、要求劳动监察部门对公司进行处罚等）。

总结：公司未办理特殊工种认定是否需要赔偿，需根据员工是否因此遭受实际损失来判断。若员工因此无法享受特殊工种相关的退休或工伤保险待遇，公司可能需承担赔偿责任。若您遇到此类问题，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。