结论：农民工工资转回公司是否合法，需根据具体情况判断，一般而言，若公司存在合法理由且程序合规，可能合法；但若公司无故或违规将工资转回，则不合法。以下从不同角度进行分析：

一、合法情形

1. 公司代扣代缴税费或社保等费用：

   • 根据相关法律法规，公司作为用人单位，有义务为员工代扣代缴个人所得税、社会保险费等法定费用。若公司因代扣代缴这些费用而将部分工资转回，且已明确告知员工并按照规定程序操作，这种行为是合法的。
   • 例子：农民工小李的月工资为5000元，公司根据国家规定为其代扣代缴了个人所得税和社保费用共计500元，因此实际发放到小李手中的工资为4500元。这种情况下，公司转回500元是合法的。

2. 公司根据规章制度或劳动合同约定进行扣款：

   • 若公司与农民工在劳动合同中明确约定了某些扣款情形（如违反公司规章制度、造成公司损失等），且这些约定不违反法律法规的强制性规定，公司根据约定将部分工资转回以弥补损失或作为罚款，也是合法的。
   • 例子：农民工小张因违反公司安全规定导致公司设备损坏，公司根据劳动合同约定从小张的工资中扣除了设备维修费用。这种情况下，公司转回部分工资是合法的。

二、不合法情形

1. 公司无故或违规将工资转回：

   • 若公司没有合法理由或未按照规定程序将农民工的工资转回，如未经员工同意擅自扣款、扣款金额超过法定标准或合同约定范围等，这种行为是不合法的。
   • 例子：农民工小赵的工资被公司无故扣除了300元，且公司未提供任何合法依据或解释。这种情况下，公司转回工资是不合法的。

2. 公司以非法目的转回工资：

   • 若公司以逃避税务、社保等法定义务为目的，通过转回工资的方式隐瞒收入或减少应缴费用，这种行为不仅不合法，还可能构成违法行为，如偷税漏税等。
   • 例子：公司为了减少应缴纳的企业所得税，将部分农民工的工资以“借款”名义转回公司账户，并未实际发放给员工。这种情况下，公司转回工资是违法的。

三、法律建议

• 对于农民工而言：若发现公司无故或违规将工资转回，应首先与公司沟通协商，要求公司提供合法依据和解释。若协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
• 对于公司而言：应严格遵守相关法律法规和劳动合同约定，确保工资发放的合法性和合规性。若需扣款或转回工资，应提前告知员工并按照规定程序操作，避免引发劳动争议和法律风险。

总结：农民工工资转回公司是否合法，需根据具体情况判断。若公司存在合法理由且程序合规，则可能合法；若公司无故或违规将工资转回，则不合法。农民工在遇到此类问题时，应积极维护自己的合法权益，公司也应严格遵守法律法规和劳动合同约定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。