结论：公司劳动合同中约定包吃包住，后续又要收费是否合法，需根据具体情况判断。若公司未经与员工协商一致，单方面变更合同条款并要求收费，则不合法；若双方协商一致并签订补充协议，则可能合法。

分析说明：

1. 劳动合同的约定效力：

   • 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同一旦签订，即具有法律约束力，双方应当按照劳动合同的约定履行各自的义务。
   • 若劳动合同中明确约定了包吃包住的福利条款，那么该条款即成为劳动合同的一部分，对双方均具有约束力。

2. 公司单方面变更合同条款的合法性：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条：“用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。”
   • 若公司未经与员工协商一致，单方面变更劳动合同中的包吃包住条款，并要求员工支付相关费用，则违反了劳动合同的约定和法律规定，属于违法行为。员工有权拒绝支付费用，并可以依法维护自己的合法权益。

3. 双方协商一致变更合同条款的合法性：

   • 若公司因经营需要或其他合理原因，需要变更劳动合同中的包吃包住条款，并与员工进行了充分协商，双方达成一致意见并签订了书面补充协议，那么这种变更可能是合法的。
   • 在这种情况下，员工应当按照补充协议的约定履行自己的义务，支付相关费用。但公司也应当确保变更后的条款公平合理，不损害员工的合法权益。

行动建议：

• 对于员工：若公司未经协商一致单方面要求收费，员工可以拒绝支付，并保留相关证据（如劳动合同、公司通知等），以便在必要时通过法律途径维护自己的权益。若公司提出协商变更合同条款，员工应仔细阅读补充协议内容，确保自己的权益不受损害后再签字确认。
• 对于公司：若因经营需要变更劳动合同条款，应提前与员工进行充分沟通协商，确保变更条款的合法性和合理性。同时，应签订书面补充协议，明确双方的权利和义务，以避免后续纠纷。

法律后果：

• 若公司违法变更劳动合同条款并要求收费，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司恢复原合同条款或赔偿损失。
• 若双方协商一致变更合同条款但后续发生纠纷，员工或公司均可通过法律途径解决争议，如申请劳动仲裁或提起诉讼等。