结论：灵活用工发工资时，若因工资发放问题对雇佣公司提起仲裁，其合法性取决于具体情况，包括双方是否构成劳动关系、工资发放是否符合约定及法律规定等。

分析说明：

1. 劳动关系认定：

   • 构成劳动关系：如果灵活用工人员与雇佣公司之间构成了劳动关系，那么双方就应当遵循《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定。在此情况下，如果雇佣公司未按照约定或法律规定发放工资，灵活用工人员有权向劳动仲裁机构提起仲裁，要求公司支付拖欠的工资及可能的赔偿。
   • 不构成劳动关系：如果双方并未构成劳动关系，而是属于劳务关系或其他民事关系，那么工资发放问题可能就不受劳动法律法规的直接调整。但即便如此，如果双方有明确的合同约定，且雇佣公司未按照约定支付报酬，灵活用工人员仍然可以通过民事诉讼等途径来维护自己的权益。

2. 工资发放约定与法律规定：

   • 约定优先：在劳动关系中，双方可以在劳动合同中约定工资的支付方式、时间、金额等。只要这些约定不违反法律法规的强制性规定，就应当被尊重和执行。
   • 法定标准：同时，劳动法律法规也对工资支付设定了一些基本标准，如最低工资标准、工资支付周期等。如果雇佣公司的工资发放行为违反了这些法定标准，那么灵活用工人员同样有权提起仲裁或诉讼。

3. 仲裁的合法性与程序：

   • 合法性：在劳动关系中，因工资发放问题提起仲裁是合法的维权途径。劳动仲裁机构会依据相关法律法规和双方约定，对争议进行公正裁决。
   • 程序：提起仲裁时，灵活用工人员需要准备相关证据材料，如劳动合同、工资条、银行转账记录等，以证明自己的主张。同时，也需要按照劳动仲裁机构的要求填写仲裁申请书，并缴纳相应的仲裁费用。

行动建议：

• 收集证据：在提起仲裁前，灵活用工人员应当尽可能收集与工资发放相关的证据材料，以便在仲裁过程中证明自己的主张。
• 咨询专业律师：虽然我可以为你提供一些基本的法律知识和建议，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，在提起仲裁前，建议你咨询一位专业律师，以便获得更具体、更针对性的法律帮助。
• 遵循法律程序：在提起仲裁后，应当遵循劳动仲裁机构的程序要求，按时参加仲裁庭审，并积极配合仲裁机构的工作。

后续法律后果：

• 如果仲裁裁决支持了灵活用工人员的主张，那么雇佣公司需要按照裁决结果支付拖欠的工资及可能的赔偿。
• 如果雇佣公司不服仲裁裁决，可以在法定期限内向人民法院提起诉讼。但在此之前，应当确保已经履行了仲裁裁决中的义务（如支付工资等），否则可能会面临强制执行等法律后果。

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