结论前置：签了灵活用工协议且派遣单位已经发工资的情况下，您仍然有可能申请仲裁，但具体能否仲裁以及仲裁的诉求能否得到支持，需根据实际情况和仲裁请求的具体内容来判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、仲裁的可能性与前提
仲裁的适用范围：
- 劳动仲裁是解决劳动争议的一种方式，适用于用人单位与劳动者之间因确认劳动关系、劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议。
- 即使您与派遣单位签订了灵活用工协议，只要双方之间存在劳动关系或事实劳动关系，且争议属于劳动仲裁的受理范围，您就有权申请仲裁。
已发工资不影响仲裁权利：
- 派遣单位已经发放工资，并不意味着您就失去了申请仲裁的权利。工资发放只是劳动关系中的一个方面，如果双方在其他方面存在争议，如加班费、社会保险、福利待遇等，您仍然可以申请仲裁。
二、仲裁请求的具体内容与支持情况
与工资相关的争议：
- 如果您对派遣单位发放的工资数额、发放时间等有异议，且这些争议属于劳动仲裁的受理范围，那么您可以申请仲裁，要求派遣单位支付差额工资或补发工资等。
- 但如果您只是单纯对已经发放的工资数额无异议，而只是对其他非工资方面的待遇有争议，那么仲裁请求中就不应包含与工资直接相关的诉求。
非工资方面的争议：
- 除了工资外，如果您与派遣单位在加班费、社会保险、福利待遇、解除劳动合同的经济补偿等方面存在争议，且这些争议属于劳动仲裁的受理范围，那么您同样可以申请仲裁。
- 在这些情况下，已发工资的事实并不会影响您对其他争议的仲裁权利。
三、仲裁的流程与注意事项
仲裁流程：
- 提交仲裁申请：您需要向当地劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请书，并附上相关证据材料。
- 仲裁受理：仲裁委员会在收到申请后，会进行审查并决定是否受理。
- 开庭审理：如果受理，仲裁委员会会安排开庭审理，双方当事人需要出庭陈述自己的主张和提供证据。
- 裁决：仲裁委员会根据审理情况作出裁决，裁决具有法律效力。
注意事项：
- 在申请仲裁前，建议您先与派遣单位进行协商，尝试通过友好方式解决争议。
- 如果协商无果，再考虑申请仲裁。在申请仲裁时，要确保自己的仲裁请求明确、具体，并附上相关证据材料以支持自己的主张。
- 同时，要注意仲裁时效的问题。根据《劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
最后建议：如果您在灵活用工过程中遇到任何劳动争议问题，且不确定是否可以申请仲裁或如何申请仲裁，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业的法律建议和帮助。