灵活用工发放一半工资是否合法，需分情况讨论：
若劳动合同或灵活用工协议中有明确约定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，用人单位与劳动者应当按照劳动合同的约定，全面履行各自的义务。这意味着，如果劳动合同或灵活用工协议中明确规定了工资的支付方式、金额及时间，且双方均同意按此执行，那么用人单位按照约定发放一半工资（例如，因特定原因如预支、分期支付等）在协议框架内可能是合法的。但这种情况较为特殊，且需确保协议内容不违反法律法规的强制性规定。
若劳动合同或灵活用工协议中无明确约定，或约定不明确：
- 在没有明确约定或约定不明确的情况下，用人单位应按时足额支付劳动者工资。根据《中华人民共和国劳动法》第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”因此，如果用人单位无正当理由仅发放一半工资，这通常被视为克扣或拖欠工资，是违法的。劳动者有权要求用人单位补发差额工资，并可能依据相关法律法规追究用人单位的法律责任。
特殊情况下的工资支付：
- 存在某些特殊情况，如劳动者因个人原因（如请假、旷工等）导致当月工作天数减少，用人单位可能根据实际工作天数调整工资支付。但这种情况下的工资调整应基于合理的计算方式，并确保不低于当地最低工资标准。此外，如果用人单位因经营困难等原因暂时无法足额支付工资，应与劳动者协商并达成一致，同时按照相关规定向劳动者说明情况，并在后续时间内补发工资。
法律建议：
- 对于劳动者而言，如果发现用人单位仅发放一半工资且无正当理由，应首先与用人单位沟通协商，要求补发差额工资。如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
- 对于用人单位而言，应严格遵守相关法律法规，按时足额支付劳动者工资。如果因特殊原因需要调整工资支付方式或金额，应与劳动者充分沟通并达成一致，同时确保调整后的工资不低于当地最低工资标准。
可能的法律后果：
- 如果用人单位违法克扣或拖欠劳动者工资，可能面临劳动监察部门的处罚，包括罚款、责令改正等。同时，劳动者还有权要求用人单位支付经济补偿金或赔偿金等。
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