结论前置：劳务派遣协议可以约定由用工单位承担经济补偿金，但这一约定需符合法律法规的规定，且在实际操作中需考虑多种因素。以下是对此问题的详细分析：
一、法律法规依据与支付主体
法律法规依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第三十一条，劳务派遣单位或被派遣劳动者依法解除、终止劳动合同的经济补偿，依照《劳动合同法》第四十六条、第四十七条的规定执行。这表明，经济补偿金的支付主体和计算标准主要由《劳动合同法》规定。
- 《劳动合同法》第五十八条明确指出，劳务派遣单位是用人单位，应履行对劳动者的义务，包括支付经济补偿金（如适用）。这进一步确认了劳务派遣单位作为经济补偿金支付主体的法律地位。
支付主体与约定：
- 通常情况下，劳务派遣单位作为劳动者的用人单位，承担支付经济补偿金的责任。然而，劳务派遣协议作为双方（劳务派遣单位和用工单位）之间的合同，可以约定由用工单位承担经济补偿金。这种约定在法律上并非禁止，但需确保不违反法律法规的强制性规定，且双方意思表示真实。
二、经济补偿金的计算标准与约定影响
- 经济补偿金按照劳动者在本单位工作的年限计算，具体为：每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。若劳动者月工资高于所在直辖市或设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，经济补偿金的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，且最高支付年限不超过十二年。
- 劳务派遣协议中约定由用工单位承担经济补偿金，并不改变经济补偿金的计算标准。但这一约定可能影响劳务派遣单位和用工单位之间的成本分担和风险分配。
三、特殊情况下的责任分配与约定效力
用工单位的过错：
- 若因用工单位的过错导致劳务派遣单位与被派遣劳动者解除或终止劳动合同，并给被派遣劳动者造成损害的，劳务派遣单位与用工单位需承担连带赔偿责任。此时，即使劳务派遣协议约定由用工单位承担经济补偿金，用工单位也可能因过错而承担额外的赔偿责任。
约定效力的限制：
- 劳务派遣协议中的约定不得违反法律法规的强制性规定，也不得损害劳动者的合法权益。若约定违反法律法规或损害劳动者权益，该约定可能被认定为无效或部分无效。
四、实际操作建议与风险防范
明确约定条款：
- 若劳务派遣协议约定由用工单位承担经济补偿金，应明确约定支付条件、支付标准、支付方式等具体条款，以避免后续争议。
考虑劳动者权益：
- 在约定由用工单位承担经济补偿金时，应确保劳动者的合法权益不受损害。例如，不得通过约定降低经济补偿金的支付标准或免除劳务派遣单位的法定责任。
风险防范与合规审查：
- 劳务派遣单位和用工单位在签订劳务派遣协议时，应进行合规审查，确保协议内容符合法律法规的规定。同时，双方应建立风险防范机制，以应对可能出现的法律风险和纠纷。
总结与建议：劳务派遣协议可以约定由用工单位承担经济补偿金，但这一约定需符合法律法规的规定，并确保不损害劳动者的合法权益。在实际操作中，双方应明确约定条款、考虑劳动者权益、进行风险防范与合规审查。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。