在劳务派遣关系中，关于经济补偿金的支付问题，确实是一个既核心又复杂的话题。针对您提出的“用工单位与劳务派遣公司约定经济补偿金由用人单位承担，用人单位怎么支付”这一问题，我将结合相关法律法规及实践，为您详细解答。

一、一般原则下的支付主体

首先，我们需要明确的是，在劳务派遣关系中，劳务派遣单位是劳动者的用人单位，与劳动者建立了直接的劳动关系。因此，在大多数情况下，经济补偿金是由劳务派遣单位来承担的。这是基于《中华人民共和国劳动合同法》及其相关实施条例的规定，确立了劳务派遣单位作为经济补偿金支付主体的法律地位。

二、特别约定下的支付责任

然而，您提到的情况是用工单位与劳务派遣公司之间有特别约定，即经济补偿金由用人单位（这里应理解为用工单位，但根据常规理解及法律语境，我们更倾向于认为此处的“用人单位”在约定语境下可能指代用工单位承担特定责任，但实际法律关系中仍需明确区分劳务派遣单位与用工单位角色，为解答问题，我们按约定由用工单位承担来分析）承担。这种约定在符合法律法规的强制性规定，并且经过了劳务派遣单位、用工单位以及劳动者（最好通过某种形式确认，如协议附件、劳动者签字确认等）三方明确同意的情况下，是具有法律效力的。

三、用工单位如何支付

1. 明确支付条件与标准：

   • 用工单位应与劳务派遣单位在协议中明确约定经济补偿金的支付条件、标准以及支付方式。这包括但不限于：在何种情况下需要支付经济补偿金（如劳动合同解除、终止等）、支付的具体金额或计算方法（如按照劳动者在劳务派遣单位的工作年限和月工资水平来确定）、支付的时间节点等。

2. 直接支付或通过劳务派遣单位支付：

   • 根据约定，用工单位可以选择直接向劳动者支付经济补偿金，或者将款项支付给劳务派遣单位，由劳务派遣单位再支付给劳动者。无论哪种方式，都应确保支付过程的透明性和可追溯性，以避免未来可能出现的纠纷。

3. 遵守法律法规：

   • 在支付经济补偿金的过程中，用工单位必须严格遵守相关法律法规的规定，确保支付金额不低于法定标准，支付时间不迟于法定时限，以保障劳动者的合法权益。

4. 保留支付凭证：

   • 用工单位应妥善保留支付经济补偿金的相关凭证，如转账记录、收据等，以作为未来可能出现的纠纷中的证据。

四、建议与总结

为了避免未来可能出现的纠纷和争议，我建议用工单位在与劳务派遣单位签订协议时，应明确约定经济补偿金的支付主体、条件、标准以及支付方式等关键条款，并确保这些约定符合法律法规的强制性规定。同时，用工单位也应加强与劳务派遣单位的沟通与协作，共同保障劳动者的合法权益。

综上所述，如果用工单位与劳务派遣公司之间有特别约定经济补偿金由用工单位承担，那么用工单位应按照约定明确支付条件与标准、选择合适的支付方式、遵守法律法规并保留支付凭证。