合同工在政府部门上班，法定加班并不一定是按工资的三倍给付，这主要取决于加班的具体情况。以下是对这一问题的详细分析：

一、法定加班工资的计算依据

根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：

1. 安排劳动者延长工作时间的：支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬。这通常指的是工作日加班，即正常工作日之外延长的工作时间。
2. 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的：支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。休息日通常指的是周六、周日等非工作日，如果用人单位在这些日子安排工作且不能安排补休，则需要支付双倍工资。
3. 法定休假日安排劳动者工作的：支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。法定休假日是指国家法律规定的节假日，如春节、国庆节等，如果用人单位在这些日子安排工作，则需要支付三倍工资。

二、政府部门合同工加班工资的特殊性

虽然政府部门作为用人单位，同样需要遵守《劳动法》的规定，但政府部门的工作性质和用工方式可能存在一定的特殊性。然而，这种特殊性并不改变加班工资的计算标准。政府部门合同工在加班时，同样应当按照上述法律规定获得相应的加班工资。

三、实际案例与注意事项

在实际操作中，政府部门合同工的加班工资支付情况可能因地区、部门、岗位等因素而有所不同。有些部门可能能够严格按照法律规定支付加班工资，而有些部门则可能存在拖欠或未足额支付的情况。因此，如果合同工在政府部门上班并遇到加班工资支付问题，建议首先与用人单位进行沟通协商，要求按照法律规定支付加班工资。如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

四、建议与总结

1. 了解法律规定：作为劳动者，应当了解自己的权益和义务，特别是关于加班工资支付的规定。
2. 保留证据：在加班时，应当保留好相关证据，如加班通知、加班记录等，以便在需要时证明自己的加班情况。
3. 及时维权：如果遇到加班工资支付问题，应当及时与用人单位沟通协商，并寻求法律途径解决。

综上所述，合同工在政府部门上班时，法定加班工资的计算标准与一般企业相同，具体取决于加班的情况。如果遇到相关问题，建议直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。