公司另签薪资结构协议是否合法，需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：
一、合法情形
双方自愿协商一致：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条：“用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。”若公司提出变更薪资结构，与劳动者充分协商并达成一致，且以书面形式签订新的薪资结构协议，该协议是合法的。
- 例子：公司因业务调整，需要改变薪资结构，与员工进行充分沟通后，员工同意并签署了新的薪资结构协议，协议内容明确、合法，这样的协议是有效的。
符合法律法规和政策要求：
- 薪资结构协议的内容必须符合国家法律法规和政策的要求，如最低工资标准、加班费支付、社会保险缴纳等。若协议内容不违反这些强制性规定，且双方自愿签署，则协议合法。
- 例子：公司提出的薪资结构协议中，基本工资不低于当地最低工资标准，加班费按照法定标准支付，社会保险也按照规定缴纳，这样的协议是合法的。
二、不合法情形
未与劳动者协商一致：
- 若公司单方面改变薪资结构，未与劳动者进行充分协商，或劳动者不同意变更，公司强行要求签署新的薪资结构协议，这样的协议是违法的。
- 例子：公司未经员工同意，直接降低员工的基本工资，并要求员工签署新的薪资结构协议，否则将解除劳动合同，这样的行为是违法的。
协议内容违反法律法规：
- 若薪资结构协议的内容违反国家法律法规和政策的要求，如低于最低工资标准、不支付加班费、不缴纳社会保险等，这样的协议是无效的。
- 例子：公司提出的薪资结构协议中，基本工资低于当地最低工资标准，或者加班费计算方式不符合法定标准，这样的协议是违法的。
存在欺诈、胁迫等情形：
- 若公司在签署薪资结构协议时存在欺诈、胁迫等情形，导致劳动者在违背真实意思的情况下签署协议，这样的协议也是违法的。
- 例子：公司以不签署新协议就解除劳动合同为威胁，迫使员工签署不合理的薪资结构协议，这样的行为是违法的。
三、法律建议
- 对于劳动者：在签署薪资结构协议前，应仔细阅读协议内容，确保协议内容合法、合理，并符合自己的利益。若对协议内容有疑问或不满，应及时与公司进行沟通协商，或寻求法律援助。
- 对于公司：在提出变更薪资结构时，应与劳动者进行充分沟通协商，确保双方达成一致意见。同时，协议内容应符合国家法律法规和政策的要求，避免违法违规行为的发生。
若您在公司另签薪资结构协议方面遇到任何问题或疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。