客运驾驶员由全资子公司聘用，在符合相关法律法规和劳动合同约定的情况下，是合法的。以下从多个角度对此问题进行详细分析：
一、法律层面
劳动合同法的适用：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者建立劳动关系，应当订立书面劳动合同。全资子公司作为独立的法人实体，具有用工自主权，可以依法与劳动者签订劳动合同，建立劳动关系。
- 因此，如果客运驾驶员是与全资子公司签订的劳动合同，且合同内容合法、双方意思表示真实，那么这种聘用关系是合法的。
劳动关系的认定：
- 劳动关系的认定不仅取决于劳动合同的签订，还取决于实际用工情况。如果客运驾驶员实际上是在全资子公司的安排下从事工作，接受全资子公司的管理，并由全资子公司支付工资，那么可以认定客运驾驶员与全资子公司之间存在劳动关系。
二、实际操作层面
全资子公司的独立性：
- 全资子公司虽然由母公司全资控股，但在法律上是独立的法人实体，具有独立的民事权利能力和民事行为能力。因此，全资子公司有权自主决定聘用哪些员工，包括客运驾驶员。
母公司与子公司的关系：
- 母公司与子公司之间是独立的法律关系，母公司不得非法干预子公司的正常经营活动，包括用工自主权。如果母公司非法干预子公司的用工决策，可能会引发法律纠纷。
三、可能存在的风险及防范
合同风险：
- 在签订劳动合同时，全资子公司应确保合同内容合法、条款清晰、双方意思表示真实。避免使用模糊、歧义的条款，以免引发劳动争议。
用工管理风险：
- 全资子公司应建立健全的用工管理制度，确保客运驾驶员的招聘、培训、考核、薪酬等各个环节都符合法律法规和公司规定。同时，应加强对客运驾驶员的日常管理，确保其遵守交通规则和公司规章制度。
法律风险防范：
- 为防范法律风险，全资子公司可以定期对用工情况进行自查自纠，及时发现并纠正存在的问题。同时，可以咨询专业律师或法律机构，获取专业的法律意见和建议。
总结与建议：
客运驾驶员由全资子公司聘用，在符合相关法律法规和劳动合同约定的情况下，是合法的。为确保聘用关系的合法性和稳定性，全资子公司应建立健全的用工管理制度，加强合同管理和用工管理，并定期进行自查自纠。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。