实行不定时工作制的公司，在周六支付加班费的情况，可能基于以下几个原因：
公司内部规定或劳动合同约定：
- 尽管实行不定时工作制，但公司可能出于员工福利、激励或特定工作需求，在内部规章制度或劳动合同中明确规定了周六工作需支付加班费。这种情况下，公司支付加班费是履行其内部规定或合同约定的义务。
地方性法规或政策要求：
- 某些地区可能针对不定时工作制有特别的地方性法规或政策，要求在某些情况下（如周六工作）支付加班费。公司需遵守当地法规，因此会支付相应的加班费。
实际工作时间超出法定标准：
- 不定时工作制并不意味着员工可以无限制地工作而不受劳动法保护。如果员工在周六的工作时间超出了法定的工作时间标准（如每周40小时），且公司未安排补休，那么根据劳动法的相关规定，公司应当支付加班费。
特殊行业或岗位需求：
- 在某些特殊行业或岗位中，如医疗、交通、公共服务等，由于工作性质的特殊性，可能需要员工在周六等休息日工作。为了保障员工的权益，公司可能会选择支付加班费作为补偿。
法律背景与建议：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，不定时工作制是针对因生产特点、工作特殊需要或职责范围的关系，无法按标准工作时间衡量或需要机动作业的职工所采用的一种工时制度。但这并不意味着员工可以无限制地工作而不受保护。
- 如果公司支付周六加班费是出于自愿或合同约定，且不违反法律法规，那么这是合法的。但如果公司违反了相关法规或合同约定，未支付应得的加班费，员工有权向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
- 对于员工而言，如果对公司的加班费支付有疑问或不满，建议首先与公司进行沟通协商。如果协商无果，可以咨询专业律师或向劳动监察部门投诉，以维护自己的合法权益。
可能的法律后果：
- 如果公司未按照法律法规或合同约定支付加班费，可能会面临劳动监察部门的处罚，包括但不限于罚款、责令改正等。
- 员工也有权通过法律途径追究公司的责任，要求公司支付应得的加班费及可能的赔偿。
综上所述，实行不定时工作制的公司在周六支付加班费可能是基于公司内部规定、地方性法规、实际工作时间超出法定标准或特殊行业需求等原因。员工应了解自己的权益，并在必要时寻求法律援助以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。