在六小时工作制的企业中，周六周日上班是否有加班费，主要取决于企业的工时制度以及具体的工作安排。以下是对这一问题的详细分析：

1. 标准工时制下的情况：

   • 即便企业实行的是六小时工作制，但如果这一制度本质上仍属于标准工时制的范畴（即每日工作时间不超过8小时，每周工作时间不超过40小时，只是通过调整每日工作时间来实现六小时工作制），那么周六周日上班就属于休息日工作。
   • 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬作为加班费。
   • 举例：如果员工在周六或周日上班，且企业无法安排补休，那么员工有权要求企业支付加班费，加班费的计算基数通常为员工的正常月工资除以21.75天（月计薪天数），再乘以200%。

2. 特殊工时制下的情况：

   • 不定时工作制：如果企业实行的是不定时工作制，且这一制度已经劳动行政部门批准，那么员工在周六周日上班通常不被视为加班，因此没有加班费。但需要注意的是，不定时工作制主要适用于企业中的高级管理人员、外勤人员等岗位，且必须确保员工的休息休假权利。
   • 综合计算工时工作制：在这种工时制度下，以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间。如果在一个综合的工时考核周期内，劳动者的总实际工作时间不超过总法定标准工作时间，则周六日上班不被视为加班。若超过部分，应视为延长工作时间，并按规定支付150%的加班工资；在法定节假日工作的，则需支付300%的加班工资。

3. 补休与加班工资的关系：

   • 无论企业实行何种工时制度，如果安排员工在休息日工作，都应首先考虑安排补休。如果能够安排补休，则可以不支付加班工资。若不能安排补休，则必须按照法律规定支付加班工资。

4. 加班工资的计算基数：

   • 加班工资的计算基数一般按照劳动合同约定的劳动者本人工资标准确定。若劳动合同没有约定，则按照集体合同约定的加班工资基数及休假期间工资标准确定。若劳动合同和集体合同均未约定，则按照劳动者本人正常劳动应得的工资确定，但不得低于当地最低工资标准。

建议：

• 劳动者应密切关注自身的加班及补休权益，了解企业的工时制度以及具体的工作安排。
• 如果企业违反相关规定，未依法支付加班工资或未安排补休，劳动者有权首先与企业协商解决。协商不成的，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自身的合法权益。

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