针对您提出的“与A公司签合同但在B公司工作，如何申请仲裁”的问题，这确实是一个涉及复杂劳动关系的情形。以下是我为您提供的详细解答：
一、能否仲裁B公司的判断依据
在决定是否可以将B公司作为仲裁对象时，我们需要综合考虑多个因素，主要包括B公司在劳动关系中的实际角色和行为，以及您与A公司签订的劳动合同的具体条款。
构成双重劳动关系或实际用人单位：
- 如果您在为A公司提供劳动的同时，也为B公司提供了实质性的劳动服务，且B公司对您进行了工作安排、监督、考勤等实质性管理，并决定了您的薪酬待遇，那么可能构成双重劳动关系，或者B公司被视为实际用人单位。在此情形下，您有权就劳动争议仲裁B公司。
B公司承担用人单位责任：
- 即便您的劳动合同是与A公司签订的，但如果B公司在实际工作中承担了用人单位的主要职责，如日常管理、工作安排、薪酬支付等，并且这种安排得到了您的同意，那么B公司在某种程度上就承担了用人单位的相应责任。因此，您也有权将B公司作为仲裁对象。
连带责任情况：
- 根据相关法律法规，如果A公司与B公司之间存在违法转包、分包等行为，导致您的权益受损，B公司可能需要与A公司承担连带赔偿责任。在这种情况下，您可以将B公司列为共同被申请人进行仲裁。
劳务派遣或借用员工：
- 如果您是通过劳务派遣或借用员工的用工方式被安排到B公司工作的，虽然您与派遣单位（A公司）签订了劳动合同，但实际用工单位（B公司）负责支付工资和缴纳社保。如果B公司实际上履行了用人单位的职责，您在发生劳动争议时也可以将B公司作为仲裁对象或共同被申请人。
二、一般不能仲裁B公司的情形
- 如果您仅与A公司存在劳动关系，而B公司只是受A公司委托代发工资、代缴社保，并未对您进行实际的劳动管理，也未与您建立劳动关系的合意，那么您通常不能就劳动争议仲裁B公司。这种情况下，B公司只是履行委托事项，不承担用人单位的责任。
三、申请仲裁的实际操作建议
查看劳动合同条款：
- 仔细审查您与A公司签订的劳动合同，关注其中关于工资支付、社保缴纳以及实际工作安排的明确条款。这些条款对于判断劳动关系及确定责任主体至关重要。
收集证据：
- 为了支持自己的主张，您应收集相关证据，如工作证、考勤记录、工资发放记录、工作安排邮件等。这些证据有助于证明B公司在劳动关系中的实际角色和行为。
咨询专业意见：
- 在处理复杂的劳动关系时，建议您咨询当地的劳动监察部门或专业律师。他们可以根据您的具体情况，提供更准确的法律判断和建议，帮助您更有效地维护自己的合法权益。
四、申请仲裁的流程
准备仲裁申请书：
- 明确您的仲裁请求、事实和理由，并附上相关证据材料。
提交仲裁申请：
- 将仲裁申请书及相关证据材料提交给有管辖权的劳动争议仲裁委员会。
参加仲裁庭审：
- 按照仲裁委员会的通知，参加仲裁庭审，陈述自己的主张和证据。
等待仲裁裁决：
- 仲裁委员会将根据庭审情况，作出仲裁裁决。您需要等待并执行裁决结果。
综上所述，能否仲裁B公司取决于多种因素。在面临此类问题时，您应仔细分析自己的具体情况，并寻求专业法律帮助以维护自己的合法权益。希望以上解答能对您有所帮助。