结论前置：公司承担个税不扣员工的情况，在大多数情况下是不合法的，除非员工的收入未达到纳税标准或存在特殊应税情况且员工已自行申报纳税。

详细分析：

1. 公司作为扣缴义务人的基本职责

根据《中华人民共和国个人所得税法》及相关法律法规，公司是员工个人所得税的扣缴义务人。这意味着，在向员工支付工资、薪金等各项所得时，公司有义务按照规定预扣预缴或代扣代缴个人所得税，并按时向税务机关进行申报和缴纳。这是公司必须履行的法定职责，旨在确保国家税收的及时、足额入库。

1. 不合法情况及其法律后果

   • 未履行代扣代缴义务：如果公司未按照规定履行代扣代缴义务，即构成违法行为。税务机关将依据《中华人民共和国税收征收管理法》对公司进行处罚，包括追缴税款、加收滞纳金，并对公司处应扣未扣、应收未收税款百分之五十以上三倍以下的罚款。这种处罚不仅会增加公司的经济负担，还可能损害公司的声誉和信用记录。
   • 举例说明：假设某公司每月向员工支付工资8000元，但未按规定代扣代缴员工的个人所得税。在这种情况下，公司的行为就违反了相关法律规定，将面临税务机关的处罚。

2. 合法免缴情况

   • 员工收入未达到纳税标准：如果员工的收入未达到个人所得税的纳税标准（如目前我国个人所得税综合所得的基本减除费用标准是每月5000元），则公司无需为员工代扣代缴个人所得税。这种情况下，公司不缴纳员工个人所得税是合法的。
   • 举例说明：某公司员工每月工资收入为4500元，未达到纳税标准，因此公司无需为该员工代扣代缴个人所得税。

3. 特殊应税情况下的处理

对于一些特殊的应税所得情况（如员工取得的偶然所得），即使公司未代扣代缴，只要员工按照规定自行向税务机关办理纳税申报并缴纳了个人所得税，从最终纳税结果上看，不会导致国家税收流失。然而，公司仍存在未履行代扣代缴义务的程序性违规，可能会面临一定的税务风险和潜在的处罚。因此，建议公司在遇到特殊应税情况时，仍应主动履行代扣代缴义务，以避免不必要的法律风险。

总结与建议：

公司作为扣缴义务人，应当严格遵守税法规定，履行代扣代缴个人所得税的义务。这不仅有助于维护国家税收制度的正常运行，也是公司信誉和长远发展的基石。同时，员工也应当关注自己的个人所得税缴纳情况，确保自己的权益得到保障。如果公司未履行代扣代缴义务，员工有权向税务机关举报或投诉，以维护自己的合法权益。对于公司而言，加强财务管理和税务合规意识至关重要，以确保税务处理的准确性和合法性。

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