单位承担员工个税是合法的，但具体合法性需结合实际情况和税法规定来判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、合法性基础
根据《中华人民共和国个人所得税法》及相关规定，个人所得税是针对个人所得征收的税种，原则上应由个人承担。然而，在实际操作中，单位与员工之间可以通过协商，约定由单位承担部分或全部个人所得税。这种约定并不违反法律的强制性规定，因此是合法的。
二、实际操作中的注意事项
合同约定：单位与员工之间应就个税承担问题进行明确约定，最好以书面形式固定下来，作为劳动合同或补充协议的一部分。这样可以在发生争议时，提供明确的证据支持。
税务处理：如果单位承担员工的个人所得税，那么在计算应纳税所得额时，需要将这部分税款加回到员工的工资薪金中，再按照税法规定计算应缴纳的税款。单位在代扣代缴时，应确保税款的准确计算和及时缴纳，避免出现税务风险。
公平合理：单位在承担员工个税时，应确保这一做法对所有员工都是公平合理的，避免出现歧视性或不合理的情况。否则，可能会引发员工的不满和争议。
三、可能存在的风险
税务风险：如果单位在承担员工个税时，未按照税法规定进行准确计算和缴纳，可能会面临税务机关的处罚，包括补缴税款、滞纳金和罚款等。
劳动争议风险：如果单位与员工之间就个税承担问题未达成明确约定，或者约定不明确，可能会在后续工作中引发劳动争议。例如，员工可能认为单位应承担其全部个税，而单位则认为应由员工自行承担。
四、建议
明确约定：单位与员工之间应就个税承担问题进行明确约定，并最好以书面形式固定下来。
合规操作：单位在承担员工个税时，应确保合规操作，准确计算和及时缴纳税款。
咨询专业意见：如果单位对个税承担问题存在疑问或不确定如何操作，建议咨询专业的税务或法律人士，以确保合规性和避免潜在风险。
如果你在实际操作中遇到任何问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。我在合同纠纷、公司事务领域有着丰富的经验，可以为你提供专业的法律支持。