您好，关于您提出的“以员工发工资形式扣个税是否合法”的问题，这确实是一个涉及法律义务和税务合规的重要问题。下面我将为您详细解答：
首先，我们需要明确的是，公司以发工资形式扣个税是合法的，但前提是必须依法进行。这主要依据的是《中华人民共和国个人所得税法》以及《中华人民共和国税收征收管理法》的相关规定。
一、员工工资未达纳税标准的情况
如果员工每月的工资收入，在扣除各项专项扣除（如社保、公积金等）以及专项附加扣除（如子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或住房租金、赡养老人等）后，余额未达到每月5000元（即每年6万元）的基本减除费用标准，那么该员工是无需缴纳个人所得税的。在这种情况下，公司自然也就没有代扣代缴个税的义务，不扣税并不违法。
二、员工工资达到纳税标准的情况
然而，如果员工每月的工资收入在扣除各项扣除后，余额超过了每月5000元的基本减除费用标准，那么该员工就需要缴纳个人所得税了。此时，公司作为支付工资的单位，就承担起了代扣代缴个人所得税的法律义务。
法律义务：公司必须按照法律规定，根据员工的工资收入和适用的税率，预扣预缴税款，并在次月的规定期限内将税款缴纳给税务机关。
违法后果：如果公司明知员工工资达到纳税标准却未履行代扣代缴个税的义务，那么税务机关将有权向纳税人（即员工）追缴税款，并对公司处以应扣未扣、应收未收税款百分之五十以上三倍以下的罚款。如果公司采取隐瞒、欺骗等手段不扣或少扣税款，还可能被认定为偷税行为，面临更严厉的处罚，包括追缴税款、滞纳金，以及不缴或者少缴税款百分之五十以上五倍以下的罚款。在严重的情况下，还可能构成犯罪，依法追究刑事责任。
信用记录与经营影响：此外，公司未履行代扣代缴义务还可能影响其信用记录，对公司的经营发展产生不利影响。
总结与建议
综上所述，公司以发工资形式扣个税是合法的，但必须严格依法进行。公司在发放工资时，应首先判断员工工资是否达到纳税标准，对于达到纳税标准的员工，必须依法履行代扣代缴个人所得税的义务。如果您对公司税务合规方面有任何疑问或需要帮助，我建议您咨询专业的税务机构或律师，以确保公司的税务处理符合法律规定，避免不必要的法律风险和经济损失。