关于公司扣员工个人所得税是否合法的问题，这实际上是一个涉及法律法规和具体情境判断的复杂问题。不过，针对您提出的这一具体点，我可以明确且详细地为您解答：公司代扣代缴员工的个人所得税是合法的。
合法性依据
根据《中华人民共和国个人所得税法》的相关规定，用人单位有明确的法律义务从员工的工资中扣除应缴纳的个人所得税，并代为缴纳至税务机关。这一规定确保了国家税收的征收，同时也规范了用人单位在税务方面的行为。
合法扣款的详细解释
代扣代缴个人所得税：
- 公司作为扣缴义务人，有责任根据员工的工资收入，按照税法规定的税率和速算扣除数，计算出应缴纳的个人所得税额，并从员工工资中扣除。
- 扣除后的税款，公司需按时足额缴纳至税务机关，确保国家税收的及时入库。
扣款流程的透明性：
- 公司在代扣代缴个人所得税时，应向员工提供清晰的扣款明细，包括扣款金额、扣款依据（即税法规定）以及缴纳至税务机关的证明等。
- 员工有权了解自己的纳税情况，并对公司的扣款行为进行监督。
非法扣款的对比说明
虽然公司代扣代缴个人所得税是合法的，但并非所有从员工工资中扣除款项的行为都是合法的。例如：
- 无合法依据的随意扣款：如公司以“管理费”、“服装费”等名目进行扣款，且未得到员工的同意或在合同中明确约定，则属于非法扣款。
- 克扣或无故拖欠工资：公司必须按时足额支付员工的工资报酬，任何形式的克扣或无故拖欠都是违法的。
- 罚款金额过高或不合理：即使公司有权对员工进行罚款（如违反规章制度），但罚款金额必须合理，不能侵犯员工的经济利益。
员工权益保护
如果员工对公司的扣款行为有异议，特别是认为公司存在非法扣款的情况，可以采取以下措施来维护自己的权益：
- 与公司协商：首先尝试与公司进行沟通协商，了解扣款的具体原因和依据，并表达自己的诉求。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉，劳动监察部门会对公司的扣款行为进行调查，并根据调查结果作出相应处理。
- 申请劳动仲裁：如果员工对公司的扣款行为有异议且无法通过协商或投诉解决，可以选择向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
综上所述，公司代扣代缴员工的个人所得税是合法的，但公司必须确保扣款行为的透明性和合法性，并尊重员工的权益。如果员工对公司的扣款行为有异议，应积极采取措施来维护自己的权益。