公司代扣个税是合法的。以下从多个角度对此问题进行详细分析：
法律依据
《中华人民共和国税收征收管理法》：
- 根据该法第四条，法律、行政法规规定负有代扣代缴、代收代缴税款义务的单位和个人为扣缴义务人。纳税人、扣缴义务人必须依照法律、行政法规的规定缴纳税款、代扣代缴、代收代缴税款。这明确规定了公司作为扣缴义务人的法律地位和责任。
《中华人民共和国个人所得税法》：
- 该法第二十条指出，个人所得税的征收管理，依照本法和《中华人民共和国税收征收管理法》的规定执行。这进一步确认了公司在个人所得税征收管理中的角色和责任。
合法性分析
- 代扣代缴的义务：公司作为扣缴义务人，有义务按照法律、行政法规的规定，从员工的工资、薪金等收入中代扣代缴个人所得税。这是公司履行其社会责任和法律义务的一部分。
- 避免税收流失：公司代扣代缴个人所得税有助于确保税收的及时、足额征收，防止税收流失，维护国家的税收秩序和财政稳定。
- 保护员工权益：通过公司代扣代缴，员工无需自行申报和缴纳个人所得税，减轻了员工的负担，同时也避免了因员工个人疏忽或故意隐瞒而导致的税务风险。
可能的法律后果
- 如果公司未履行代扣代缴义务：根据《中华人民共和国税收征收管理法》的相关规定，税务机关将对公司进行处罚，包括但不限于罚款、加收滞纳金等。同时，公司还可能面临声誉损失和法律责任。
- 如果公司错误代扣代缴：如公司因计算错误或故意隐瞒等原因导致代扣代缴的税款不足或过多，公司也需要承担相应的法律责任，并可能面临税务机关的调整和处罚。
建议
- 公司应严格遵守税收法律法规：确保按时、足额代扣代缴员工的个人所得税，避免税务风险和法律责任。
- 加强内部税务管理：建立健全的税务管理制度和流程，确保税务处理的准确性和合规性。
- 及时与税务机关沟通：如遇到税务问题或疑问，应及时与税务机关沟通并寻求专业指导。
综上所述，公司代扣个税是合法的，且是公司作为扣缴义务人的重要责任。如有任何疑问或需要进一步的法律指导，请直接向我咨询。