结论前置：总公司发工资，分公司代扣代缴个税在实际操作中是可行的，但必须确保合法合规，并严格按照税法规定及当地税务机关的要求进行操作。
法律依据与合法性分析
《中华人民共和国个人所得税法》：该法明确规定，支付所得的单位或个人为扣缴义务人。然而，在存在合法约定和规范操作的前提下，其他单位（如分公司）也可以代为扣缴个税。这意味着，只要总公司和分公司之间有明确的委托代缴协议，并且该协议符合税法规定，分公司代扣代缴个税就是合法的。
《税收征收管理法》：该法要求扣缴义务人依法履行代扣、代收税款的义务。在总公司和分公司的情况下，分公司作为受委托方，需要确保按照税法规定准确计算和代缴个税，否则将承担相应的法律责任。
操作要点与步骤
明确委托关系与合同签订：
- 总公司与分公司应签订书面的委托代缴协议，明确双方的权利与义务，包括代缴个税的范围、方式、时间等。
- 劳动合同中应注明工资的发放方式和个税的代缴方式，以保障员工的权益。
税务登记与资格取得：
- 分公司需在当地税务机关进行税务登记，并取得代扣代缴资格。
- 向税务机关说明是受总公司委托代缴员工个税的情况，以便税务机关进行监管。
准确计算与申报缴纳：
- 分公司应根据总公司提供的员工收入明细，准确计算个税金额，注意扣除法定扣除项目，如社保、公积金等。
- 按照税务机关规定的申报期限和方式进行申报，并在规定时间内缴纳税款。
账务处理与信息沟通：
- 总公司与分公司之间的账务往来需清晰明了，资金流向和用途需合理解释和证明。
- 加强信息沟通与协调，确保工资数据准确传递和个税计算一致性，及时传递员工变动情况，如入职、离职等。
遵守法规与风险防控：
- 严格遵守国家相关法律法规和政策要求，确保操作合法合规。
- 建立健全内部税务管理制度，定期进行税务自查，防范税务风险。
- 在签订委托代缴协议时，明确违约责任和争议解决方式，防范法律风险。
- 若个税缴纳出现错误，应及时向员工解释并协助更正申报，保障员工权益。
建议与注意事项
- 咨询当地税务机关：在实际操作前，建议咨询当地税务机关或专业税务顾问，获取具体指导和帮助，以确保操作符合当地税务机关的要求。
- 加强合作与沟通：总公司与分公司之间应加强合作与沟通，确保信息传递的准确性和及时性，避免因信息不畅导致的税务风险。
- 定期审查与优化：定期对代缴个税的流程进行审查和优化，确保操作的准确性和效率，同时防范潜在的税务风险。
在实际操作中，如果遇到任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。