结论前置：有分公司的情况下，工资由总公司发放是合法的，但具体是否合法还需结合劳动合同的约定以及公司实际管理情况来判断。以下是对此问题的详细分析：
一、工资发放主体的合法性分析
总公司发放工资的合法性
- 法律依据：根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。这意味着，总公司作为分公司的母公司，有权对分公司的经营活动进行管理和控制，包括工资发放等财务活动。
- 实际操作：在实际操作中，总公司可能基于整体财务安排、统一管理薪酬体系或希望统一控制工资发放标准和流程等原因，选择直接发放工资。只要总公司能够按时足额发放工资并依法履行其他用人单位义务，如缴纳社保等，此模式即合法有效。
分公司发放工资的合法性
- 法律依据：同样根据《中华人民共和国公司法》，分公司虽然不具有法人资格，但在其经营范围内可以开展活动，包括进行财务结算和工资发放等活动。只要分公司具备相对独立的财务核算体系和管理权限，且能够按时足额发放工资并依法履行其他用人单位义务，此模式也是合法的。
二、劳动合同中的关键条款
- 工资发放方：员工在签订劳动合同时，应明确工资发放方是总公司还是分公司。这有助于避免后续因工资发放主体不明确而产生的纠纷。
- 发放时间、方式：劳动合同中还应明确工资的发放时间、发放方式等关键条款，以确保员工能够按时、足额地收到工资。
三、公司内部管理与责任划分
- 内部管理制度：公司应建立健全的内部管理制度和财务流程，确保工资发放的准确性和及时性。这包括明确总公司和分公司之间的财务管理和责任划分，避免产生内部纠纷。
- 责任承担：无论工资由总公司还是分公司发放，最终的责任仍由总公司承担。因为分公司不具有法人资格，其民事责任由公司（即总公司）承担。
四、法律建议与注意事项
员工方面
- 明确合同条款：在签订劳动合同时，务必明确工资发放方、发放时间、发放方式等关键条款。
- 保留证据：保留好与工资发放相关的证据，如工资条、银行转账记录等，以备不时之需。
- 法律维权：如果遇到工资拖欠或未按时发放的情况，可以首先尝试与公司协商解决；协商无果时，可以依法向当地劳动执法监察大队投诉或申请劳动仲裁等法律途径来维护自己的合法权益。
公司方面
- 合规管理：确保工资发放符合法律法规和公司内部管理制度的要求。
- 透明沟通：与员工保持透明沟通，明确工资发放的主体、时间、方式等，避免产生误解和纠纷。
举例说明：假设某员工与总公司签订了劳动合同，但被派往分公司工作。如果劳动合同中明确约定工资由总公司发放，且总公司能够按时足额发放工资并依法履行其他用人单位义务，那么这种工资发放模式就是合法的。反之，如果劳动合同中未明确约定工资发放方，或者总公司未能按时足额发放工资，那么员工就有权依法维护自己的合法权益。
总结：有分公司的情况下，工资由总公司发放是合法的，但具体是否合法还需结合劳动合同的约定以及公司实际管理情况来判断。为了确保工资发放的合法性和避免纠纷，建议员工在签订劳动合同时明确相关条款，并保留好相关证据；公司则应建立健全的内部管理制度和财务流程，确保工资发放的准确性和及时性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。