分公司签订劳动合同，总公司发工资并不违法。这一做法的合法性及可行性，主要取决于分公司的法人资格以及总公司与分公司之间的约定。以下是详细分析：
法律分析
分公司法人资格的影响：
- 不具有独立法人资格：分公司作为总公司的附属机构，其民事责任由总公司承担。因此，分公司签订的劳动合同，总公司有权也有责任进行履行，包括工资的发放。这种操作在法律上是允许的，不违反强制性规定。
- 具有独立法人资格：若分公司具备独立法人资格，则其应独立承担责任，包括合同履行和工资支付。但在此情况下，若总公司与分公司有明确的约定，且该约定不违反法律法规，总公司仍然可以代分公司发放工资。
合同约定与实际操作：
- 无论分公司是否具有独立法人资格，都应在劳动合同中明确工资发放的主体、方式及时间等关键条款。这既是保障劳动者合法权益的需要，也是避免潜在法律风险的重要措施。
- 在实际操作中，总公司出于统一财务管理、资金调配等考虑，可能会选择代分公司发放工资。这种做法在分公司不具有独立法人资格或双方有明确约定的情况下是合理的。
法律依据
- 《公司法》第十四条：公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。
- 《劳动合同法》：该法并未明确规定劳动合同签订主体与工资发放主体必须为同一单位，只要总公司和分公司之间的操作符合上述条件和要求，即视为合法有效的安排。
综合建议
为确保分公司签订劳动合同，总公司发工资的合法性及有效性，建议采取以下措施：
- 明确法人资格与合同约定：在签订劳动合同前，应首先确认分公司的法人资格状态，并在合同中明确工资发放的主体、方式、时间及变更条件等关键条款。
- 加强沟通说明：对于总公司代发分公司工资的情况，应向员工进行充分说明和解释，确保员工对此表示理解和接受。
- 遵循法律法规：在实施此类安排时，应严格遵循相关法律法规和合同约定，确保所有操作均符合法律法规要求。
综上所述，分公司签订劳动合同，总公司发工资并不违法，但需确保操作符合相关法律法规和合同约定。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。