结论前置：分公司用工，劳动关系在总公司是否合法，主要取决于分公司的法律地位和经营资格。如果分公司未依法取得营业执照或登记证书，则员工与总公司存在劳动关系，这是合法的；若分公司已依法取得营业执照或登记证书，则原则上员工应与分公司签订劳动合同，但经总公司授权，与总公司签订也是可行的。
详细分析：
分公司未依法取得营业执照或登记证书：
- 在这种情况下，分公司不具备独立的法人资格，无法以自身名义签订劳动合同。
- 根据《劳动合同法实施条例》第四条，未依法取得营业执照或者登记证书的分支机构，受用人单位委托可以与劳动者订立劳动合同，此时劳动关系的责任由总公司承担。
- 因此，在这种情况下，分公司用工，劳动关系在总公司是合法的。
分公司依法取得营业执照或登记证书：
- 分公司如果依法取得了营业执照或登记证书，那么它可以作为独立的用人单位，具备与劳动者签订劳动合同的资格。
- 原则上，员工应与分公司签订劳动合同，建立劳动关系。
- 但如果分公司基于总公司的授权或基于总公司对人事的统一管理安排等合理原因，与总公司签订劳动合同，这也是可行的。此时，需要明确劳动用工主体的认定、社保缴纳地点、劳动争议管辖等问题，并在合同中明确工作地点、工作内容、劳动报酬等关键条款，以保障双方权益。
综上所述，分公司用工，劳动关系在总公司是否合法，需根据分公司的法律地位和经营资格来判断。如分公司未取得营业执照，则与总公司建立劳动关系是合法的；如分公司已取得营业执照，则原则上应与分公司建立劳动关系，但经总公司授权，与总公司建立劳动关系也是可行的。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。