关于“分公司有独立法人员工与分公司签订劳动合同，在总公司缴纳社保是否合法”的问题，这确实是一个涉及法律层面和实际操作的综合考量。以下是我为您提供的详细解答：
结论前置
在符合一定条件下，这种安排是合法的，但关键在于确保分公司具备独立法人资格（若题目中明确分公司有独立法人，则此条件满足），且社保缴纳操作符合当地社保政策规定及法律法规要求，同时合同中应明确相关约定。
法律层面分析
分公司独立法人资格：
- 既然分公司具有独立法人资格，那么它就有权以自己的名义与员工签订劳动合同，并承担相应的民事责任。
- 同时，作为独立法人，分公司理论上也可以自行办理社保缴纳。但若选择由总公司缴纳，则需确保这种安排不违反法律法规的强制性规定。
社保缴纳的法律规定：
- 根据《中华人民共和国社会保险法》等法律法规，用人单位有义务为职工缴纳社保费。这里的“用人单位”可以是指与员工建立劳动关系的实体，即分公司。
- 法律法规并未严格限制社保费必须由签订劳动合同的用人单位直接缴纳，因此，在分公司与总公司之间达成一致，且符合当地社保政策的情况下，由总公司为分公司员工缴纳社保并不违反法律。
合同约定的重要性：
- 劳动合同是明确双方权利和义务的重要文件。在合同中，应明确约定社保缴纳的相关事宜，包括缴纳主体、缴纳比例、缴纳地点等，以避免未来可能出现的争议。
实际操作考虑
社保政策的地区差异：
- 不同地区的社保政策和待遇标准可能存在差异。因此，在选择由总公司缴纳社保时，应确保这种安排符合分公司所在地的社保政策要求。
员工权益的保障：
- 无论社保由谁缴纳，都应确保员工的社保权益得到充分保障。这包括社保的及时缴纳、足额缴纳以及员工在需要时能够顺利享受社保待遇。
内部管理制度的完善：
- 总公司和分公司应建立健全内部管理制度，明确各自在员工管理、社保缴纳等方面的权利和义务。这有助于避免未来可能出现的内部纠纷。
风险防范建议
明确合同约定：
- 在劳动合同中明确约定社保缴纳的相关事宜，包括缴纳主体、缴纳方式等，以确保双方权益得到明确保障。
与当地社保部门沟通：
- 在实际操作前，与分公司所在地的社保部门进行沟通，了解具体政策和要求，确保操作合规合法。
加强员工沟通与培训：
- 及时向员工说明社保缴纳情况，确保员工了解并同意相关安排。同时，加强员工培训，提高员工对社保政策的认知度。
综上所述，分公司有独立法人员工与分公司签订劳动合同，在总公司缴纳社保的行为在符合法律规定、合同约定以及当地社保政策要求的情况下是合法的。但企业在实际操作中应确保合规性，并明确各方权益和义务，以避免潜在的法律风险。