结论前置：在分公司工作但和总公司签订劳动合同，这种用工模式在法律上是合法的，但具体是否合法还需根据劳动合同的具体内容和总分公司之间的关系来判断。以下从多个角度进行分析：
一、法律关系层面
总公司作为用人单位：
- 总公司作为独立的法人实体，具有完全的用人权利能力和行为能力，有权与劳动者签订劳动合同。
- 劳动者与总公司签订劳动合同，意味着劳动者的劳动关系主体是总公司，总公司承担用人单位的法定责任，如支付工资、缴纳社会保险等。
分公司作为工作地：
- 分公司虽不具有独立法人资格，但作为总公司的分支机构，在总公司的授权范围内可以从事生产经营活动。
- 总公司安排劳动者到分公司工作，属于公司内部的工作调配，并不违反法律法规的强制性规定。
二、劳动合同内容层面
工作地点明确：
- 为避免潜在的纠纷，建议在劳动合同中详细列明工作地点（分公司所在地）、工作岗位等重要条款。
- 如果劳动合同中明确约定了工作地点为分公司所在地，且劳动者以实际行动表示接受这种安排，那么该用工模式即为合法有效。
劳动报酬与社会保险：
- 劳动合同中应明确劳动报酬的支付主体和方式，以及社会保险的缴纳主体和地点。
- 总公司应按照法律规定，在其注册地或者劳动合同履行地为劳动者办理社会保险登记和缴纳手续。如果分公司所在地与总公司注册地不一致，且双方有明确约定，也可以按照约定执行。
三、实务操作建议
确保合同条款明确：
- 劳动者在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，确保自己的权益得到充分保障。
- 如对劳动合同内容有任何疑问或争议，建议及时咨询，以便解决。
保留相关证据：
- 劳动者应保留好与总公司签订的劳动合同、工资支付记录、社会保险缴纳记录等证据，以备不时之需。
关注总分公司关系：
- 劳动者应关注总公司和分公司之间的法律关系是否明确且符合相关法律法规，以确保自己的劳动关系稳定且合法。
四、潜在风险与应对
潜在风险：
- 如果劳动合同中没有明确规定工作地点、工作内容，或者总公司和分公司之间的法律关系不明确，可能导致劳动者的权益受损，引发劳动争议。
应对措施：
- 在签订劳动合同时，要求明确各项条款，特别是工作地点、劳动报酬、社会保险等关键事项。
- 如发生劳动争议，及时寻求法律援助或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自己的合法权益。
实例说明：以某大型连锁企业为例，其总公司在上海，全国各地设有多家分公司。总公司与员工签订劳动合同时，明确约定员工被派往北京的分公司工作，工资由总公司发放，社保在上海缴纳（或按约定在分公司所在地缴纳）。这种情况下，只要符合相关法律规定和合同约定，就是合法的用工安排。
综上所述，在分公司工作但和总公司签订劳动合同是合法的，但具体是否合法还需根据劳动合同的具体内容和总分公司之间的关系来判断。务必确保劳动合同条款明确、总分公司法律关系清晰，以保障劳动者的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。