员工在分公司工作时，可以选择与总公司签订劳动合同，但需满足一定条件；同时，若分公司依法取得营业执照或登记证书并获总公司授权，也可直接与分公司签订劳动合同。以下从不同角度为您详细分析：
一、与总公司签订劳动合同的情况
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第四条，劳动合同法规定的用人单位设立的分支机构，如未依法取得营业执照或者登记证书，则需受用人单位（即总公司）委托才可以与劳动者订立劳动合同。这意味着，在分公司未取得相应证照的情况下，劳动者应与总公司签订劳动合同。
实际操作：
- 在实际工作中，即使劳动者在分公司工作，但其劳动关系可能与总公司建立。这种情况下，工资支付、社保缴纳、经济补偿等责任主体均为总公司。这种安排有助于确保劳动者权益的稳定性和可靠性，因为总公司的经济实力和信誉通常更强。
灵活性：
- 与总公司签订劳动合同的劳动者，在工作地点、工作岗位的调配方面通常具有更大的灵活性。总公司可以根据整体业务布局，在不同分公司之间进行人员调动，而劳动者只需遵循总公司的安排即可。
二、与分公司签订劳动合同的情况
法律依据：
- 同样根据《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第四条，如分公司依法取得营业执照或者登记证书，则可作为用人单位与劳动者订立劳动合同。这意味着，在分公司取得相应证照并获总公司授权的情况下，劳动者可以直接与分公司签订劳动合同。
分公司地位：
- 分公司作为总公司的分支机构，虽然不具有独立的法人资格，但在总公司的授权范围内可以从事经营活动，包括对外签订合同。分公司的存在旨在帮助总公司开拓市场、方便经营。因此，在符合法律条件的情况下，分公司有权与劳动者签订劳动合同。
注意事项：
- 劳动者在与分公司签订劳动合同时，应仔细审查合同条款，特别是关于工作地点、工作岗位、工资待遇、社保缴纳等关键内容。同时，要确认分公司的法律地位和授权情况，避免因合同效力问题引发纠纷。
三、建议与总结
审查合同条款：
- 无论与总公司还是分公司签订劳动合同，劳动者都应仔细审查合同条款，确保自身合法权益得到充分保障。特别是要关注合同中关于工作地点、工作岗位、工资待遇、社保缴纳、合同期限、解除条件等关键条款。
确认对方身份：
- 在签订合同时，劳动者应确认对方的法律地位和授权情况。如与分公司签订合同，需确认分公司是否已依法取得营业执照或登记证书，并获总公司授权。
咨询专业意见：
- 如对合同条款或对方身份存在疑虑，劳动者可咨询专业律师或法律机构，以获取更准确的法律意见和帮助。
总结来看，员工在分公司工作时，既可以选择与总公司签订劳动合同，也可以选择在与总公司授权且依法取得营业执照的分公司签订劳动合同。具体选择应综合考虑分公司的法律地位、实际运营情况以及总公司的管理策略。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。