总公司签合同，分公司付款在符合一定条件下是合法的。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、合同相对性与履行
合同相对性原则：
- 合同是总公司与其他主体签订的，原则上应由合同签订主体（即总公司）来履行付款义务，收款方也应当是合同中约定的相对方。这是合同相对性的基本要求。
存在约定的情况：
- 如果合同中明确约定了可以将款项支付给分公司，或者经过合同相对方的书面同意，那么分公司作为收款方就是合法的。这种情况下，付款行为符合合同约定，不构成违约。
- 例如，在大型集团公司间的采购合同中，常常会约定由采购方的分公司直接接收货物并支付款项，只要双方真实意思表示且不违反法律法规，即为合法。
二、分公司的法律地位与经营能力
分公司的经营能力：
- 分公司作为总公司的分支机构，虽然不具有独立法人资格，但在总公司授权范围内可以从事经营活动，包括签订合同、收取款项等。
- 如果分公司的经营活动与合同相关，且总公司有相应授权或安排，那么付款给分公司就是合法的。
总公司对分公司的管理和责任承担：
- 总公司对分公司的债务承担最终法律责任。即使款项支付给分公司，总公司仍需承担相应责任。因此，从责任承担角度看，公司签合同付款给分公司，只要符合规定和约定，即合法。
三、财务和税务合规性
财务规范：
- 公司付款给分公司需要有合理的依据和规范的财务流程，包括付款凭证、审批手续等，以确保资金流向清晰、合理。
- 缺乏财务规范可能导致账目混乱和财务风险，甚至可能引发监管机构的调查。
税务合规：
- 付款给分公司可能涉及税务问题，如企业所得税的分配和缴纳等。需要确保操作符合税务法规要求，避免税务风险。
- 特别是跨地区付款时，更需注意税务合规性，以免因税务问题引发不必要的麻烦。
四、实际操作建议
明确合同约定：
- 在合同中详细约定付款条件、方式、时间以及收款方等条款，为纠纷解决提供法律依据。如果希望由分公司付款，应在合同中明确约定或签订补充协议。
加强内部管理与监督：
- 总公司应加强对分公司的财务管理和监督，确保分公司有足够资金支付合同款项，并规范付款流程和行为。同时，关注分公司经营状况，及时发现和解决潜在风险。
确保税务合规：
- 在付款前咨询专业税务顾问，确保付款行为符合税法规定，避免税务风险。特别是跨地区付款时，要特别注意税务合规性。
保持财务记录清晰：
- 保持准确、完整的财务记录，包括付款凭证、审批手续等，以接受监管机构审查。这有助于证明付款行为的合法性和合规性。
举例说明：假设一家总公司与供应商签订了一份采购合同，合同中明确约定了由总公司的分公司直接接收货物并支付款项。在这种情况下，分公司作为收款方就是合法的，因为合同中有明确约定。同时，总公司也需要确保分公司有足够资金支付款项，并规范付款流程和行为，以避免潜在的法律风险。
综上所述，总公司签合同付款给分公司在符合一定条件下是合法的。但为了确保合法性和合规性，建议在合同中明确约定付款条款，并加强内部管理和监督。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。