合同中约定总公司签订但付款由分公司执行，这样的合同在符合法定生效要件的情况下是有效的。以下是对此问题的详细分析：
一、合同效力的法律基础
分公司法律地位：分公司作为总公司的分支机构，虽不具备独立法人资格，但可在其经营范围内以自身名义从事民事活动，包括签订合同。这一法律特性为合同效力提供了基础。
合同生效要件：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同受法律保护，对当事人具有法律约束力。只要合同内容不违反法律法规的强制性规定，且是双方真实意思表示，该合同即具有法律效力。
二、合同中付款约定的有效性
付款约定的性质：合同中关于由分公司付款的约定，属于合同履行方式的特别约定。这种约定并不改变合同的本质，也不影响合同的整体效力。只要该约定是双方真实意思表示，且不违反法律法规的强制性规定，即为有效。
实际履行情况：若分公司实际上参与了合同的履行，如接收了合同项下的货物或服务，并按照约定进行了付款（或总公司代分公司付款），那么可以认为分公司已经以实际行动接受了合同的约束。此时，合同中的付款约定对分公司具有实际的约束力。
三、可能影响合同效力的特殊情况
合同明确排除：如果合同中明确排除了分公司受该合同约束的条款，或明确指出合同仅适用于总公司，那么该合同对分公司不产生直接的法律效力。但这种情况较为少见，且需合同双方有明确的约定。
分公司无法履行：虽然总公司有权签订合同，但如果合同内容与分公司的业务范围完全无关，且分公司客观上无法履行或执行合同相关内容（如分公司不具备相应的资质或能力），此时合同对分公司的效力可能会受到质疑。然而，这并不影响合同本身的效力，只是可能影响合同的履行。
四、法律建议
明确约定：为确保合同的顺利履行和权益的有效保障，建议在签订合同时明确约定合同对分公司的效力情况，包括付款责任等关键条款。这有助于避免后续纠纷和误解。
保留证据：在实际操作中，应保留好与合同履行相关的所有证据，如货物交接单、付款凭证等。这些证据在后续纠纷处理中可能起到关键作用。
及时咨询：如果在合同履行过程中遇到任何问题或纠纷，建议及时咨询专业律师以获取法律帮助。作为专业律师，我可以为你提供详细的法律分析和建议。
综上所述，合同中约定总公司签订但付款由分公司执行，在符合法定生效要件的情况下是有效的。但为确保合同的顺利履行和权益的有效保障，建议在签订合同时明确约定相关条款并保留好相关证据。如有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。