结论前置：跟总公司签订的合同，款项能否付给分公司，主要取决于合同的具体约定、总公司的授权情况以及相关法律法规的遵循。在合法合规且双方协商一致的前提下，款项是可以支付给分公司的。
法律层面分析
分公司的法律地位：
- 根据《中华人民共和国民法典》第七十四条，分公司不具有法人资格，其民事责任由总公司承担。这意味着分公司作为总公司的附属机构，在财务和业务上与总公司紧密相连，因此总公司付款给分公司在法律上不存在根本性障碍。
合同约定的收款方：
- 合同中明确约定的收款方是决定款项支付的关键。若合同明确规定付款对象为总公司，则不得擅自将款项支付给分公司，否则可能构成违约。反之，若合同明确允许或指定分公司为收款方，则付款给分公司是符合合同约定的。
实际操作建议
充分协商与明确约定：
- 在签订合同时，双方应就款项支付事宜进行充分协商，确保合同中明确注明付款对象，包括是否允许将款项支付给分公司。若合同未明确约定，建议通过补充协议或书面确认的方式明确付款对象。
总公司授权：
- 如果合同未明确允许付款给分公司，但总公司希望将款项支付给分公司，那么总公司应通过书面授权等明确方式，允许分公司代收合同款项。这样，付款方可以按照授权将款项支付给分公司。
财务管理与税务合规：
- 总公司和分公司应建立完善的财务管理制度，确保接收到的款项用于合法合规的用途，并定期向总公司报告财务状况和运营情况。同时，应确保交易的真实性和合理性，以避免被税务机关认定为虚开发票等违规行为。如果分公司提供了服务或货物，应按照规定开具发票，保证税务处理的合规性。
风险防控：
- 在转账支付过程中，应仔细核对账户信息，确保资金安全，避免发生资金挪用、诈骗等风险事件。同时，应关注合同相对方的财务状况和履约能力，避免因分公司经营问题导致合同无法履行。
风险提示
合规性风险：
- 在支付款项时，应确保款项的合法性和合规性，遵守相关税收法规、财务管理制度以及反洗钱等法律法规的规定。否则，可能面临法律处罚和声誉损失。
资金安全风险：
- 在转账支付过程中，应确保账户信息的准确性和安全性，避免资金被挪用或诈骗。建议采用安全的支付方式和渠道，并加强内部监控和审计。
合同纠纷风险：
- 如果合同未明确约定付款对象或总公司未授权分公司代收款项，而付款方擅自将款项支付给分公司，可能引发合同纠纷。因此，在支付款项前，应确保合同约定明确且获得总公司的授权。
总结与建议：跟总公司签订的合同款项能否付给分公司，需综合考虑合同约定、总公司授权情况以及法律法规的要求。在确保合法合规、双方协商一致并建立了完善的财务管理制度的前提下，可以将款项支付给分公司。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。