结论：合同跟分公司签订，款项要求付给总公司，在法律上通常是可行的，但具体操作的合法性及合规性需根据分公司的性质、合同约定、税务处理、交易相对方的意愿以及公司内部管理与授权等多方面因素综合判断。
法律允许的角度
分公司的性质：
- 若分公司不具有法人资格，其民事责任由总公司承担。在此情况下，分公司基于总公司的授权对外签订合同，合同所产生的权利义务最终归属于总公司。因此，合同签订主体虽是分公司，但由总公司来收取款项在法律逻辑上是合理的。
- 若分公司具有独立法人资格，则分公司与总公司为两个独立的法律实体。分公司签订的合同原则上应由分公司自己履行并收款。若需总公司收款，则需特别关注合同约定及法律风险的防范，比如通过合同特别约定或事后补充协议等方式明确收款主体。
合同约定：
- 合同中若明确约定了可以由总公司收款，或者在合同履行过程中，各方当事人通过协商一致，以补充协议、书面说明等方式同意由总公司收款，这是符合合同自治原则的，具有合法性。
需要注意的方面
税务问题：
- 在税务处理上，应确保发票的开具与收款主体相符。若分公司签订合同并开具发票，但由总公司收款，可能会引发税务机关对资金流与发票流不一致的质疑，从而带来税务风险。
- 因此，需要按照税务法规的要求，做好相关的账务处理和说明，如提供总分公司之间的资金往来证明、内部结算单据等，以确保税务合规。
交易相对方的意愿：
- 交易相对方可能基于对合同主体的信任以及财务管理制度的要求，更倾向于将款项支付给合同签订方。
- 在实际操作中，应取得交易相对方的明确同意，避免擅自变更收款主体而引发合同纠纷。若交易相对方不同意，则应尊重其意愿，按照合同约定支付到指定账户。
内部管理与授权：
- 总公司和分公司之间应有明确的内部管理规定和授权流程，确保分公司签订合同以及总公司收款都在公司内部的权限范围内进行操作。
- 应做好相应的记录和沟通，以避免内部管理混乱和责任不清的问题。同时，应加强对分公司业务活动的监督和指导，确保其业务活动符合法律法规和公司规章制度的要求。
综合建议
在实际操作中，合同跟分公司签订而要求款项付给总公司的行为应谨慎对待。建议在操作前充分评估上述各方面因素，确保一切合法合规。同时，应注重合同的签订和履行过程中的细节管理，加强与交易相对方的沟通和协调，以及完善公司内部的管理制度和授权流程。若遇到具体法律问题或需要进一步的法律指导，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。