结论前置：合同与总公司签订，但收款由分公司进行，这一操作在法律上并非绝对禁止，其可行性主要取决于合同的具体条款、总公司与分公司之间的授权关系，以及是否满足税务和财务合规性要求。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律可行性分析
分公司的法律地位：
- 分公司作为总公司的分支机构，不具有独立法人资格，其民事责任由总公司承担。因此，从法律主体关系上看，分公司与总公司可视为一个整体，这为总公司签订合同后由分公司收款提供了法律上的合理性基础。
合同约定：
- 如果合同中明确约定了可以由分公司代为收取款项，例如具体写明收款账户为分公司的账户，则这种操作方式完全符合合同约定，具有合法性。
- 若合同中未明确约定，但事后获得了合同相对方的明确同意或追认，同样可以视为合法操作。
二、潜在风险及应对措施
合同相对方的风险顾虑：
- 合同相对方可能担心款项支付后出现法律纠纷或无法得到有效保障。为此，总公司应出具正式的授权文件给分公司，明确授权分公司代收款项，并确保该授权文件在合同相对方处得到认可。
税务风险：
- 税务机关可能关注业务的真实性和资金流、发票流的一致性。为避免税务处理上的复杂性，应确保资金流、发票流和业务流保持一致，即分公司收款后，应由总公司开具相应的发票，并确保税务处理的合规性。
- 如有必要，可咨询专业税务人员，以确保税务处理符合相关规定，避免潜在的税务风险。
法律关系认定风险：
- 在涉及债务纠纷时，可能会出现总公司和分公司之间责任划分不明确的问题。为避免此类风险，应在合同中明确约定总公司与分公司之间的法律责任和义务，或在内部协议中详细规定分公司收款的权限和范围。
三、操作建议
明确合同条款：
- 在签订合同时，应尽可能明确约定收款方为分公司，包括收款账户信息、收款权限等，以减少后续纠纷的可能性。
完善内部授权：
- 总公司应通过内部文件或授权委托书等形式，明确分公司收款的权限范围、收款流程等，并对分公司收款行为进行监督和管理。
保持沟通与协商：
- 在实际操作前，务必与合同相对方进行充分沟通，确保其同意由分公司收款。若对方有疑虑或不同意，应寻求其他解决方案，如由总公司直接收款或通过其他合法途径解决。
确保财务规范：
- 总公司和分公司应建立健全的财务管理制度，确保分公司收取的款项能够准确记录和及时划转至总公司，避免财务混乱和潜在的财务风险。
总结来说，合同与总公司签订但由分公司收款的操作在法律上并非不可行，但需谨慎处理潜在的法律风险和财务规范问题。通过明确合同条款、完善内部授权、保持沟通与协商以及确保财务规范等措施，可以有效降低风险，确保交易的顺利进行。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。